Prologo

Nell'ultimo giorno dell'apocalittica Guerra di un Anno "One Year War", la sanguinaria battaglia di A Baoa Qu volge alla conclusione. Saputo che il leader di Zeon Gihren Zabi è stato ucciso, l'Ammiraglio Aiguille Delaz decide di ritirare le sue truppe dal campo di battaglia e di combattere di nuovo un altro giorno. Con lui si ritira Anavel Gato, il pilota asso dei mobile suit conosciuto con il soprannome di "Nightmare of Solomon" (la traduzione letterale sarebbe "Incubo di Salomone"). Passano più di tre anni, la vittoriosa Federazione Terrestre ricostruisce la propria flotta spaziale e lancia in segreto il Progetto di Sviluppo dei Gundam per creare nuovi mobile suit avanzati. Nel frattempo, le colonie spaziali danneggiate vengono trasferite su Side 3, il vecchio Principato di Zeon, per agevolarne i problemi di sovrappopolazione. Sull'asteroide-base Axis, orbitante intorno a Marte, ed alla base nascosta di Delaz posizionata nella Fascia Terrestre, i resti delle truppe di Zeon iniziano a pianificare la loro vendetta contro la Federazione.

Est Australia

La nave porta-mobile suit Albione giunge alla base di collaudo di Torrington, vicino alla costa dell'immenso cratere di impatto dove una volta sorgeva Sydney, in Australia. A bordo della Albione sono presenti due prototipi di mobile suit Gundam sviluppati dall'industria lunare Anaheim Electronics. Il pilota collaudatore Kou Uraki e i suoi compagni sono tutti eccitati dall'arrivo dei nuovi Gundam, ma sono richiamati dall'infastidita ingegnere di sistema Nina Purpleton. L'Unità 2 Gundam, appositamente progettata per attacchi nucleari, viene caricata con una bomba atomica presa dal bunker della base di Torrington. Subito dopo questa operazione l'Unità viene rubata dal vecchio asso di Zeon Anavel Gato, che è stato fatto salire a bordo della Albione da una spia di Zeon entrata a far parte della Anaheim. Dichiarata la rinascita del Principato di Zeon, Gato esce dalla nave e si dirige verso la costa australiana, mentre altri soldati di Zeon coprono la sua fuga con un bombardamento missilistico. I piloti collaudatori di Torrington sopravvissuti inseguono Gato, annullando il suo tentativo di fuggire nello spazio e inseguendolo fino alla costa. Kou, pilotando l'Unità 1 Gundam, si scontra con l'asso nemico ma non è in grado di opporsi al suo ritiro su un sottomarino di Zeon. La Albione riceve rinforzi, incluso un trio di piloti veterani che si vogliono scontrare con Kou perché ritenuto troppo inesperto per usare il Gundam, e poi partono tutti per l'Africa all'inseguimento di Gato.

Africa Orientale

Giunti nell'Africa Orientale, la Albione passa una settimana all'inutile ricerca dell'Unità 2 Gundam rubata. La base di Kimberlite, una base sotterranea posizionata in una miniera di diamanti abbandonata, ospita Gato e si prepara a mandare lui e l'Unità 2 nello spazio utilizzando un vecchissimo veicolo di lancio. La spia nella Anaheim viene accidentalmente smascherata, e vola verso Kimberlite con la Albione al suo diretto inseguimento, ma gli alleati di Gato avviano una feroce azione di disturbo e gli fanno guadagnare abbastanza tempo per la fuga.

La Shoal Zone (Area di pescaggio dei rottami)

Nell'orbita terrestre, un incrociatore della Flotta di Delaz recupera Gato, poi si dirige verso la base nascosta di Aiguille Delaz nella zona piena di detriti dove un tempo era stazionata Side 5. Al momento del suo arrivo, Gato è costernato di trovare che il suo comandante ha reclutato la famigerata Cima Garahau e la sua flotta per aiutarli nei loro piani. Delaz trasmette su tutti gli schermi la sua dichiarazione di guerra alla Federazione Terrestre, mostrando come sfondo l'Unità 2 catturata - la cui capacità nucleare è una violazione del Trattato Antartico - mostrando il doppio volto della Federazione. La Albione segue le tracce di Gato fino all'area dei rottami dove viene intercettata dalle forze di Cima, che distruggono le navi di scorta della Albione e ne battono il contingente di mobile suit. Kou disobbedisce agli ordini e si lancia nella battaglia con l'Unità 1, sebbene non ancora preparata per il combattimento spaziale. Cerca alla meglio di difendersi dall'attacco di Cima, ma paga un caro prezzo per il suo orgoglio e l'Unità 1 viene seriamente danneggiata.

Von Braun

La Albione entra nel porto della metropoli lunare di Von Braun. Qui, la nave riceve le riparazioni e i rifornimenti, l'Unità 1 ridotta quasi a un rottame, viene portato alla Anaheim Electronics per la ricostruzione, mentre all'equipaggio viene data la libera uscita. Kou, con il morale a terra, viene aggredito nelle strade della città e viene aiutato da un operaio, avente un braccio monco, di nome Kelly Layzner. Kou scopre presto che la persona che lo ha aiutato è in realtà un ex pilota di Zeon, che si è messo a ricostruire un vetusto mobile armor Val Varo per la Flotta di Delaz. Non curante della scoperta, Kou aiuta Kelly a completare le riparazioni e nel frattempo recupera fiducia in se stesso. Kou ritorna per trovare Nina che ha completato le riparazioni dell'Unità 1, ma ne combina un'altra quando la sua timidezza gli impedisce di confessarle i suoi ovvi sentimenti per lei. Questo melodramma si interrompe con l'apparizione di Kelly e del suo rimodernato Val Varo. Avendo scoperto che la Flotta di Delaz intendeva comprare il mobile armor senza dargli la possibilità di combattere per loro, Kelly intende fare un ultima battaglia scontrandosi con il Gundam. Dopo una dura battaglia, Kou riesce a sconfiggere il Val Varo, uccidendo però Kelly. Poi accorre ad aiutare Nina intervenuta nello scontro a fuoco e le rivela i suoi veri sentimenti

Il Mare di Solomon

Partita da Von Braun, la Albione si dirige verso la base asteroide Isola di Kompei - conosciuta, durante la Guerra di un Anno, come la fortezza Solomon appartenente al Principato di Zeon - per una immensa parata navale della flotta federale. Mentre svolge il pattugliamento dell'area, la Albione si imbatte in un incontro clandestino tra la flotta di Cima e un generale federale. La battaglia ha inizio, e il comandante del plotone di mobile suit della Albione recupera una misteriosa valigia da una delle navi distrutte della flotta di Cima. Proprio mentre è in procinto di scoprire i segreti dell'Operazione Stardust della Flotta di Delaz, il suo mobile suit esplode per i danni avuti nella battaglia. La parata navale inizia, sebbene la Flotta di Delaz ed i resti delle truppe di Zeon infastidiscano la flotta federale con attacchi sporadici. Improvvisamente, giunge la forza principale della Flotta di Delaz, guidata da Gato e l'Unità 2 Gundam. Gato spara la bomba nucleare dell'Unità 2 nel mezzo della flotta federale, distruggendo o immobilizzando i 3/5 dell'intera flotta. Kou intercetta Gato sulla via del rientro e i due Gundam avviano il duello, che si conclude con la distruzione dei due mobile suit e con un breve ma intenso faccia a faccia fra i due piloti in fuga.

La caduta della colonia

Altrove, due colonie spaziali ricostruite in rotta per Side 3 vengono occupate dalla flotta di Cima. Facendo scontrare le colonie, Cima riesce a farne dirigere una verso la Luna. I leader della Federazione non ne sono impressionati e mandano i resti della flotta federale dall'Isola di Konpei ad intercettare la colonia. Il capitano della Albione è molto preoccupato ed ordina alla nave di dirigersi verso la stazione spaziale La Vie En Rose, appartenente alla Anaheim Electronics, per recuperare il terzo prototipo di Gundam. Nel frattempo, Gato incontra una delegazione delle truppe di Zeon provenienti dalla base asteroide Axis. Sebbene le truppe di Axis siano ufficialmente neutrali, forniscono all'asso della Flotta di Delaz un nuovo potente mobile armor: il Neue Ziel. Mentre la Flotta di Delaz e la flotta di Cima scortano la colonia in caduta verso la Luna, Gato usa il Neue Ziel per bloccare la flotta federale all'inseguimento. Come la colonia giunge in prossimità della Luna, un dirigente della Anaheim Electronics - istigato dalla Flotta di Delaz - utilizza il laser del sistema di lancio della compagnia per attivare i motori a razzo collegati alla colonia stessa, spingendola fuori dall'orbita lunare e immettendola in una rotta di impatto con la Terra. La flotta federale all'inseguimento, avendo finito il carburante, non è in grado di inseguire la colonia nella sua nuova rotta. La Albione arriva a La Vie En Rose, solo per scoprire il generale a cui viene fatto riferimento è stato rimosso dall'incarico e che La Vie En Rose e l'Unità 3 Gundam sono sotto il controllo della polizia militare. Scoperto il cambiamento della rotta della colonia, Kou comprende le vere mire dell'Operazione Stardust e decide di rubare l'Unità 3. L'equipaggio della Albione viene in suo aiuto e, con l'Unità 3 dietro, partono nel disperato tentativo di intercettare la colonia.

Il Punto di Intercettazione Critico

Scortata dalle flotte di Delaz e di Cima e controllata da Gato e il suo Neue Ziel, la colonia si muove inesorabilmente verso il Punto di Intercettazione Critico, dopo il quale è ormai impossibile evitare l'impatto con la Terra. La Albione è al suo diretto inseguimento e Kou, ora al comando dell'immenso sistema di armi mobile che è l'Unità 3 Gundam, prova infinite volte ad aprirsi la strada contro il mobile armor di Gato avente la stessa potenza. Piuttosto che aiutare la Albione, una flotta federale comandata da un sinistro gruppo di cospiratori di alto rango si raduna dietro il Punto di Intercettazione Critico. Come la colonia passa il punto di non ritorno, tutto ormai sembra perduto. Ma i cospiratori si mettono in movimento. Cima, rivelando di essere in accordo con questo gruppo, cattura Delaz e ordina un cessate il fuoco. La Flotta Orbitale Terrestre della Federazione svela la sua arma segreta: un sistema a specchi Solar System simile a quello usato nella Battaglia di Solomon, che verrà utilizzato per distruggere la colonia. Delaz, catturato, ordina a Gato di continuare a combattere e viene ucciso da una infuriata Cima. Gato, infuriatosi a sua volta, distrugge il ponte della nave ammiraglia di Delaz - mancando di poco Cima - e poi attacca il Solar System proprio mentre viene attivato, permettendo alla colonia di passarci attraverso.

L'ultimo lampo di Zeon

Ormai regna il caos quando forze di Cima e la flotta federale si uniscono e si scontrano con i resti della Flotta di Delaz. Kou si scontra con Cima e la sua flotta, spazzando via queste forze apparentemente alleate, poi si muove alla ricerca di Gato. L'asso della Flotta di Delaz è dentro la colonia a fare le correzioni dell'ultimo minuto. Kou si confronta con Gato, ma non può ucciderlo per l'intervento inaspettato di Nina. Tenendo Kou sotto la mira di una pistola, Nina confessa che lei e Gato erano stati fidanzati molto tempo prima e insiste affinché i due uomini non si uccidano l'un l'altro, poi fugge con il suo ex fidanzato. Gato, per far evitare qualunque rischio a Nina, la colpisce facendola svenire e la consegna a un suo fedele soldato (Karius), poi si muove per lo scontro finale con il Gundam di Kou. Proprio mentre Gato sta per dare il colpo di grazia, il Solar System, o meglio dire quello che ne rimane, viene attivato una volta ancora. I combattenti e la colonia vengono circondati da una luce accecante.

Conclusione

Il Solar System che attacca è troppo piccolo ed ormai è tardi per qualunque intervento. La colonia precipita sulla Terra, non sul quartier generale sotterraneo dell'Esercito Federale a Jaburo, ma sulle terre agricole del Nord America. Gato, con il suo mobile armor notevolmente danneggiato, guida i resti della Flotta di Delaz in un massacrante scontro finale con la flotta federale, dove morirà schiantandosi volontariamente contro una nave federale. In seguito nei fatti successivi a questa sanguinosa battaglia, Kou Uraki finisce davanti alla corte marziale che lo condanna alla prigione mentre il capitano della Albione viene condannato a morte. Poco tempo dopo, i politici intervengono a favore di Kou. Usando i fatti dell'Operazione Stardust come pretesto, i cospiratori dell'Esercito Federale creano un'organizzazione militare d'elite - i Titani - per combattere il terrorismo e le ribellioni contro la Federazione Terrestre. La verità riguardo alla caduta della colonia e tutti i dettagli del Progetto di Sviluppo dei Gundam vengono cancellati dai computer federali e con questo le basi per la punizione di Kou. Kou viene quindi rilasciato dalla prigione e torna a svolgere le sue mansioni in una base di collaudo in Nord America. Qui, per il suo stupore e gioia, si riunisce con i suoi amici più cari provenienti dalla Albione e con Nina.