Un quarto modello denominato RX-78GP04G Gerbera, infine, non fu mai portato a compimento perché il progetto fu cancellato.In realtà questo prototipo fu segretamente terminato insieme agli ingegneri di Zion e trasformato nell' AMX-04 Gerbera Tetra. Dopo la guerra contro la Flotta di Delaz e il rafforzarsi dei sentimenti antifederativi nelle colonie, l'Esercito Federale decise di bloccare i finanziamenti per la costruzione. Gli stessi dati relativi ai tre RX78 GP furono cancellati dalle banche dati federali in modo da non lasciare memoria per il futuro dello scellerato tentativo del governo centrale di creare un potente deterrente militare contro le colonie in pieno disprezzo dei trattati di pace seguiti alla Guerra di un Anno (One Year War). Questo atteggiamento dell'Esercito Federale mutò radicalmente quando nello 0085 il gruppo di estrema destra dei Titani riuscì ad occupare i posti chiave del governo terrestre dando il via al progetto Mk II. Il primo modello di Mk, lo RX-178 Gundam Mk II, può essere considerato un'evoluzione dalle forme più agili del GP03S Dendrobium Stamen, in quanto fornito della possibilità di combinarsi a una piattaforma detta FXA-05D G-Defenser. Gli seguirono lo MNS-00100, detto Modello 100 e costruito dalla Anaheim Electronics, e lo MSF-007 Gundam Mk-III, che rimase solo sulla carta. Intanto, la Anaheim cominciò dallo 0086 lo studio di modelli detti Z commissionati da A.E.U.G., il gruppo facente capo a Quatro Bagina (cioè Char!). Contemporaneamente i Titani iniziarono lo studio di mobile suit psycho-mu, cioè destinati a piloti newtype, quali il gigantesco Psycho Gundam, abbattuto da A.E.U.G., e il temibile modello successivo, Psycho Gundam Mk II, anch'esso distrutto prima del completamento. E' l'anno 0087 e nuovi avvenimenti sono destinati a sconvolgere i precari equilibri militari del sistema solare: inizia l'era di Z Gundam.
L'anno 0087 vide la nascita del MSZ 006 Zeta Gundam, il primo modello di Gundam trasformabile prodotto dalla Anaheim su progetto di Astonauge Mendoza e del giovane Camille Vitan, che ne diventò anche il pilota. Basato su un sistema di guida bisensoriale, presentava caratteristiche di altissima versatilità all'uso, soprattutto da parte di piloti newtype, superando di lunga le performance degli psycho-mu. Grazie a queste sue doti diventò il padre di un'intera generazione di nuovi modelli: lo MSZ 006 C1 Zetaplus, una macchina prodotta in serie e, benché non dotata del sistema biosensoriale, armata con un potentissimo ipercannone; lo RGZ 91 ReGZ (Refined Gundam Z) non trasformabile ma dotato del sistema biosensoriale; lo RGZ 91 B, la versione trasformabile dello RGZ 91; e infine una altro modello in serie, lo A/FMSZ 007 ZETA II, potentemente armato e configurabile in jet fighter, fighter bomber, ecc. Con MSZ 010 ZZ Gundam la generazione degli Z Gundam giunse alla sua massima espansione di alta tecnologia: costruito anch'esso dalla Anaheim, era separabile in tre parti, Core Fighter (parte interna del torso), Core Top (parte alta) e Core Bomber (parte bassa), riconfigurabili non solo nello ZZ Gundam ma anche nella conformazione G-Fortress, una vera e propria fortezza volante. Primo Gundam ad essere fornito di cannoncini a mega-particelle (sul capo), contava anche sui classici cannoncini vulcan da 60mm nonché su due spade, due cannoni a doppia canna e due lanciamissili a 21 pezzi ciascuno. Divenuto operativo dall'aprile 0088 con Judov Arshta alla guida, ebbe una versione potenziata (MSZ 010S) a sua volta fornita di una configurazione Full Armour, la FA 010S. Da essa è derivato lo FA 010-A FAZZ, una delle più potenti macchine da guerra in dotazione all'Esercito Federale, caratterizzata da un ipermegacannone di enorme potenza.Fu prodotto anche nella variante FA 010-B.
La generazione dei Gundam post-Z inizia dallo MSA-0011 Superior Gundam, un modello comunque dotato di forti richiami allo ZZ e prodotto in 4 varianti(standard, extraordinary, booster e deep striker). Caratterizzato da dimensioni straordinarie (21,73 metri di altezza) che permisero l'installazione di motori e strutture complementari, lo S Gundam standard poteva contare su ben quattro cannoncini vulcan posti sulla testa, un sistema di difesa perimetrale detto Incom System e un fucile a raggi enorme. Come lo ZZ era scomponibile, ma solo in due parti: G-Bomber e G-Attaker. La versione MSA-0011(Bst) Booster S Gundam si distingue per l'impossibilità di trasformarsi e per la presenza di otto immensi booster (4 dietro la schiena, 4 al posto delle gambe), con una potenza di spinta di ben 267.500 kg l'uno, che gli davano una potenza di volo impressionante; lo MSA 0011 Ex-S Gundam ("Ex" sta per "Extraordinary") aveva invece quattro booster giganti,gambe migliorate, un sistema Incom potenziato e soprattutto la possibilità di trasformarsi in G-Cruiser. Come dice il nome è forse il gundam più massiccio e potente (senz'altro il più pesante, con 162,5 tonnellate ad armamento completo) mai creato dalla Federazione, e il più alto dopo il RX-93 Nu Gundam. L'evoluzione definiva del Superior porta il nome di PLAN-303E Deep Striker, una versione iperpotenziata del S Gundam Booster dotata di ben 10 booster giganti e un sistema di armamento degno di una corazzata spaziale (con integrati perfino 2 scudi deflettori I-Field). Nell'anno 0093 la Anaheim progettò con l'aiuto di Amuro Rei lo RX-93 Nu Gundam, un MS non trasformabile ma che riuniva la tecnologia di tutti i modelli precedenti e utilizzava un comando degli armamenti basato su un avanzatissimo sistema psyco-mu. Ne fu prodotta anche una configurazione Full Armor, classificata con la sigla FA-93 HWS (Heavy Weaopn System) e una versione potenziata e migliorata detta RX-93-2 Hi-Nu Gundam.
La cronologia ufficiale dei Gundam riprende nello 0111, con il "Formula Project" del SNRI (Strategic Naval Research Institute): il primo modello prodotto fu il Gundam F-90, di forma compatta (appena 15 metri d'altezza contro i 22 dello RX-93 Nu) e fornito di una vasta serie di armamenti opzionali. Questa caratteristica consentiva di adattare l'F-90 a tutte le situazioni, creando ben 9 varianti (F-90, F-90A assault, F-90D destroid, F-90S support, F-90V vbrs, F-90P plunge, F-90M marine, F-90H hover, F-90E reconaissance; nello 0120 fu riconvertito in una versione maggiorata nelle prestazioni, detta F-90-II (disponibile in 3 varianti: F-90-II, F-90II-I intercept , F-90II-L long range). In seguito fu realizzato anche l'F-90-III-Y Cluster-Gundam, una versione ulteriormente migliorata e provvista di Core Fighter. Tutte le tecnologie più sofisticate e innovative testate sulla serie F-90 (scudo laser, biocomputer variabile, beam rifle system, corazza leggerissima) furono riversate sul Gundam F-91, completato nello 0123, dopo ben sette anni di studi incentrati soprattutto sull'elaborazione del biocomputer progettato da Monica Arno, madre del pilota Seabook. Per contrastare la rivale SNRI nel campo dei MS compatti, la Anaheim Electronics sviluppò parallelamente e segretamente alcuni Gundam, basandosi proprio sui progetti rubati dell' F-91:lo RXF-91 Silhouette, lo RXF-91A Silhoutte KAI (versione migliorata) e due RX-99 Neo-Gundam (uno bianco e uno nero), forniti di Core Fighter.