Due generazioni dopo l'inizio del programma di colonizzazione spaziale, l'egemonia della Federazione Terrestre viene per la prima volta sfidata da ribellioni nelle colonie spaziali. La prima rivolta contro la Federazione viene avviata da un uomo di nome Zeon Deikun, e molte ribellioni successive vengono lanciate nel nome di Zeon.... sebbene non sempre in accordo con le famose idee rivoluzionarie di Deikun.

Quindici anni dopo che il programma di colonizzazione dello spazio fosse iniziato, l'80% della razza umana si trovava nello spazio, e i coloni avevano iniziato a sviluppare delle proprie identità nazionali e delle proprie ideologie. Si vengono a formare le filosofie dell'ereismo (ere- ism) e del sideismo (Side-ism) - la prima si basa su una riverenza quasi religiosa della Terra, il nostro pianeta madre, la seconda è una ideologia nazionalista secondo cui le colonie spaziali dovrebbero essere indipendenti rispetto al pianeta Terra che è anche il pianeta della Federazione Terrestre. Nell'anno 0052 dell'Era Spaziale, un attivista provocatore di nome Zeon Zum Deikun giunge su Side 3, il gruppo di colonie spaziali posizionato più lontano dalla Terra, e inizia a propagandare una sua sintesi di queste due teorie.

In accordo con l'ideologia di Deikun, conosciuta col nome di contolismo, è il destino dell'umanità quello di muoversi verso lo spazio. La Terra dovrà essere riportata al suo stato naturale, mentre la razza umana dovrà compiere un miglioramento sia spirituale che nella sua evoluzione per adattarsi alla sua nuova casa. Deikun predice anche che gli spazianoidi si evolveranno in quelli che lui chiama "newtypes", una nuova razza di umani nati nello spazio, e che l'indipendenza politica delle colonie spaziali è un passo necessario per il progresso delle specie.

Nell'anno 0058 dell'Era Spaziale, Deikun - divenuto il leader politico di Side 3 - dichiara che il gruppo di colonie diviene una repubblica indipendente, in aperto contrasto con la Federazione Terrestre. Viene creata una guardia nazionale; nell'anno 0062, dopo anni di crescenti tensioni tra Side 3 e la Federazione, questa guardia nazionale si trasforma in un vero e proprio esercito pronto a resistere. Poi, nello 0068, Deikun si ammala improvvisamente e muore. In mezzo ad accuse di cospirazione e e ad assassinii, il braccio destro di Deikun prende il potere.

Fra i più conosciuti tra i governi e le organizzazioni che si sono appropriate del nome di Zeon Zum Deikun, il Principato di Zeon è una creazione del successore di Deikun, l'astuto e ambizioso Degwin Sodo Zabi. Nell'agosto dello 0069 - giusto un anno dopo la morte del fondatore della repubblica - Degwin proclama su Side 3 il Ducato di Zeon e si nomina arciduca, ed elimina spietatamente tutti i vecchi fedeli di Deikun.

Con Degwin al potere, il Principato di Zeon inizia a prepararsi al confronto militare con la Federazione. I figli di Degwin vengono messi a capo dell'esercito di Zeon, e supervisionano lo sviluppo e il dispiegamento delle nuove avanzate armi come ad esempio i mobile suits. Nell'ottobre dell'anno 0078, l'esercito di Zeon viene diviso in due parti, ambedue al comando del generale Gihren Zabi.

La Space Attack Force, al comando del generale Dozle Zabi, è composta da sei flotte spaziali e mette in evidenza le tattiche tradizionali al di sopra dei mobile suits. La Mobile Assault Force, al comando del generale Kycilia Zabi, specializzata in attività non convenzionali come il servizio di spionaggio, l'estrazione di risorse minerarie, e le ricerche newtype; le unità di cui ne fanno parte includono la VII Divisione, la I Divisione Mobile di Fanteria, e la guardia imperiale di Zeon. Nel febbraio dello 0079 viene creata una terza forza, la Earth Attack Force, il cui scopo è quello di portare avanti l'invasione della Terra. La I Divisione Mobile di Fanteria al comando di Kishiria viene riorganizzata in una unità indipendente al comando del colonnello Garma Zabi, e i suoi ranghi vengono espansi in cinque divisioni mobili terrestri.

Entro l'aprile dello 0079, la Earth Attack Force ha il controllo di buona parte della superficie terrestre. I suoi principali caposaldi includono la conquistata Base California (California Base), il maggiore centro di produzione terrestre per Zeon; Odessa, dove il colonnello M'Quve supervisiona una immensa operazione di estrazione mineraria; e New York, da dove Garma comanda la Earth Attack Force. In maggio, viene completato l'asteroide fortezza Salomone; localizzato vicino ai resti di Side 1, questa base serve quale quartier generale della Space Attack Force per il fronte. La Mobile Assault Force è di stanza nella città lunare di Granada, dove vengono prodotti per Zeon la maggior parte dei mobile suits per lo spazio. L'asteroide fortezza A Bao A Qu, ultimato in giugno, completa l'ultima linea di difesa del Ducato di Zeon. Posizionato vicino a Side 3 dietro il lato oscuro della Luna, A Baoa Qu non solo ospita un paio di flotte della Space Attack Force, ma possiede anche dei propri centri di produzione.

Con la caduta di A Baoa Qu e la morte di Gihren Zabi il 31 dicembre dell'anno 0079 dell'Era Spaziale, viene velocemente creato un nuovo governo civile su Side 3. La neo-costituita Repubblica di Zeon avvia immediatamente i negoziati di pace con la Federazione Terrestre, e il 1 gennaio dell'anno 0080 dell'Era Spaziale, viene firmato il trattato nella città lunare di Granada. Sebbene a questa repubblica, nata dopo la guerra, venga permesso di mantenere una propria indipendenza e di mantenere il controllo dell'asteroide fortezza A Baoa Qu e anche una propria forza militare di autodifesa, viene generalmente considferata un pupazzo nelle mani della Federazione.

Nello 0087, il governo della repubblica - il quale ha un interesse acquisito nell'eliminazione dei fedeli al Ducato di Zeon - forma un'alleanza con i famigerati Titani, donando loro l'asteroide base A Baoa Qu e la loro flotta, quest'ultima da utilizzare per le maggiori operazioni militari dei Titani. Nel novembre dello 0088, la repubblica viene eliminata dal governo federale, che consegna Side 3 a Haman Khan e alle forze di Axis. Il Side ritorna sotto il controllo civile dopo la sconfitta di Haman avvenuta nel gennaio dello 0089, ma i suoi giorni di indipendenza sono ormai contati. Nell'anno 0100 dell'Era Spaziale, la Repubblica di Zeon viene formalmente cancellata e Side 3 viene riassorbita nella Federazione Terrestre.

Il primo dei molti movimenti che tentano di far risorgere il sconfitto Ducato di Zeon è la Flotta di Delaz. Questa eterogenea armada nasce il 31 dicembre dell'anno 0079 dell'Era Spaziale, quando il colonnello Aiguille Delaz appartenente alla Space Attack Force riceve la notizia della morte di Gihren Zabi e ritira le sue truppe dalla Battaglia di A Baoa Qu. Nel marzo dello 0080, Delaz raduna i rinnegati senza ufficiali al loro comando e si riposiziona nell'area dei rottami dove si trovava prima Side 5. Qui utilizza i resti di una colonia spaziale per costruire una base improvvisata, il Garden of Thorns (Giardino di Spine),e avvia piccole azioni di guerriglia contro la Federazione Terrestre. Nello 0083, Delaz prepara un elaborato piano chiamato Operazione Stardust, nel quale attaccherà l'Esercito Federale con l'intera sua flottae dimostrerà che lo spirito è sopravvissuto alla caduta del Ducato di Zeon.

Al momento dell'avvio dell'Operazione Stardust nell'ottobre dello 0083, la Flotta di Delaz consiste nelle seguenti unità: la Gwaden, nave da battaglia appartenente alla classe Gwajin, 13 incrociatori classe Musai, circa 18 navi di supporto di classe Papua e Pazock e approssimativamente 70 mobile suits. Avviata l'operazione, la Flotta di Delaz viene raggiunta dalle truppe comandate dal tenente colonnello Cima Garahau, comprendenti l'incrociatore mobile Lili Marlene di classe Zanzibar, 7 incrociatori di classe Musai e 30 vecchi mobile suits Gelgoog. Alla conclusione dell'operazione, avvenuta il 13 novembre, tutte le forze di Delaz o sono state annientate o sono passate ad Axis, ma comunque Delaz ha raggiunto il suo obiettivo principale: danneggiare l'Esercito Federale Terrestre e incoraggiare altri a continuare la sua guerra di resistenza (così si conclude Gundam 0083).

La Flotta di Delaz non è il solo gruppo di rinnegati fedeli al Ducato di Zeon. La maggior parte delle forze di Zeon che sopravvissero alla Battaglia di A Bao A Qu, o che finirono la guerra su Side 3 o su Granada, scelsero di fuggire verso la fascia di asteroidi. Nel marzo dello 0081, questi esiliati giunsero sull'asteroide base Axis. Completato nello 0072 quale stazione di passaggio per la flotta di Zeon addetta al rifornimento energetico, Axis non era ben equipaggiata per ospitare migliaia di rifugiati, e i soldati giunti fino a lì furono costretti a passare i successivi due anni a rendere l'asteroide moderatamente abitabile. Una di queste modifiche è il collegamento di Axis a un asteroide più piccolo, Mowsa, che serviva ad ospitare un blocco per la gravità artificiale simile ad una centrifuga.

Le condizioni di Axis sono molto dure. Zena Zabi, la vedova del comandante della Space Attack Force Dozul Zabi, muore per malattia poco più di un mese dopo l'arrivo sull'asteroide. Sua figlia Mineva, erede del Ducato di Zeon, diviene il simbolo per il comandante di Axis Maharaja Khan. Quando muore anche Khan nell'agosto dello 0083, gli succede la figlia sedicenne Haman quale comandante di Axis e reggente di Mineva. Come Haman Khan entra in carica, una Flotta Avanzata di Axis (Axis Advance Fleet) è già in rotta verso la fascia terrestre, dove mantiene un ruolo di supporto nell'Operazione Stardust e recupera i sopravvissuti della Flotta di Delaz (come mostrato in Gundam 0083).

Durante i successivi anni, le truppe di Zeon su Axis si preparano al loro ritorno nella fascia terrestre, costruendo un arsenale di nuovi mobile suits e installando sull'asteroide dei motori a pulsione termonucleare (thermonuclear pulse engines). Da febbraio dello 0086 ad ottobre dello 0087, Axis e i suoi abitanti svolgono un lento viaggio verso la Terra. Arrivano e trovano la Federazione Terrestre coinvolta in una lotta interna tra la fazione dei Titani e quella di A.E.U.G., e Haman decidedi fare il doppio gioco. All'inizio aiuta uno schieramento e poi l'altro, al fine di costringerli a far ritornare Side 3 sotto il controllo della famiglia Zabi e della sia intraprendente giovane reggente.

Dopo che i Titani e A.E.U.G. si annientano l'un l'altro nel febbraio dello 0088 (alla conclusione di Z Gundam), le truppe di Axis cambiamo il loro atteggiamento. Haman proclama la nascita di Neo Zeon, invitando gli altri fedeli al Ducato di Zeon di riunirsi con i soldati di Axis. Neo Zeon procede nell'occupazione della capitale federale di Dakar, poi fa precipitare una colonia spaziale sull'Irlanda, e nel novembre dello 0088 la Federazione Terrestre cede e concede a Neo Zeon il controllo di Side 3. Haman ritira le sue forze dalla Terra e le riposiziona su Side 3, dove si trova a scontrarsi con Gremmi Toto, un ufficiale rivale di Neo Zeon. In preda alla guerra civile, Neo Zeon finisce per autodistruggersi, e nel gennaio dell'anno 0089 dell'Era Spaziale, A.E.U.G. e l'Esercito Federale giungono su Side 3 per rivendicare la vittoria (si conclude Gundam ZZ).

Nello 0092 nasce una seconda organizzazione avente il nome di Neo Zeon, sotto il comando del colonnello Char Aznable. Ben conosciuto per essere stato uno dei piloti assi di mobile suits del Ducato di Zeon, uno fra i maggiori leader di A.E.U.G. e per esser anche il figlio di Zeon Zum Deikun, Char ha come proposito quello di completare la visione di suo padre forzando la popolazione che si trova sulla Terra ad abbandonare il pianeta madre. Il suo piano è di bombardare la Terra con gli asteroidi, causando così un "inverno nucleare" e rendendo il pianeta inabitabile - un piano che mette in pratica nel marzo dello 0093 (come mostrato nel film Char's Counterattack).

L'esercito di Neo Zeon al comando di Char ha la sua base nella colonia rifugio di Sweetwater, una struttura ibrida sovrappopolata formata da resti dei relitti delle colonie spaziali. La sua flotta è composta dalla nave da battaglia Reyulura e da 13 incrociatori di classe Musaka, che trasportano 82 mobile suits Geara Doga, due Jagd Doga, e il mobile suit personale di Char, il Sazabi. A disposizione di Char è anche il gigantesco mobile armor Alpha Azieru, durante il tentativo finale di far precipitare l'asteroide Axis sulla Terra.

L'ultima derivazione dal Ducato di Zeon, questo esercito da guerriglia è composto da seguaci di Zeon che raggiunsero il pianeta Marte alla fine della Guerra di un Anno. Nominatisi Esercito Oldsmobile (Oldsmobile Army), a causa della loro preferenza di utilizzare vecchi mobile suits revisionati, questi esuli marziani hanno speso quaranta anni nella pianificazione della loro trionfante conquista della Terra. Per questo scopo hanno costruito l'Olympus Cannon, un gigantesco accelleratore elettromagnetico all'interno della vetta del monte Olimpo - in breve, un immenso cannone su rotaia - con il quale poter colpire la Terra.

La prima grande avventura dell'Esercito Oldsmobile si collega con il fumetto Gundam F90. Inizia con il furto di un prototipo di Gundam nell'ottobre dell'anno 0120, e si conclude nel marzo dell'anno seguente quando l'Olympus Cannon esplode dopo aver sparato il suo primo e unico colpo. Una seconda operazione, descritta nel videogioco Formula Wars 0122, ha più successo; questa volta l'Esercito Oldsmobile, agendo in accordo con i Crossbone Vanguard, fa realmente atterrare un esercito d'invasione sulla Terra prima di essere annientato.