Prologo

Negli anni successivi alla sconfitta del movimento Neo Zeon, (vedi la serie televisiva ZZ Gundam), l'A.E.U.G. (o EUGO) si scioglie. Molti dei suoi membri, specialmente l'eterno capitano Bright Noah e l'asso Amuro Ray rientrano nell'Esercito Federale e diventano il nucleo di una speciale Task Force chiamata "Londo Bell". La missione di Londo Bell è quella di sopprimere nostalgici del movimento Neo Zeon ed altri movimenti anti-Federazione, essenzialmente la stessa missione dei Titani, la forza d’élite per cui A.E.U.G. fu creata per opporsi, ma portata avanti con meno brutalità. Nell'anno 0093 dell'Era Spaziale, la breve pace fu frantumata dalla riapparizione di Char Aznable. Figlio del martire dei coloni spaziali Zeon Zum Deikun, più famoso asso di Zeon nella Guerra di Un Anno, nonché portavoce carismatico di A.E.U.G., Char è amato dai coloni spaziali e temuto dalla Federazione Terrestre. Formato un proprio movimento Neo Zeon, Char pianifica di paralizzare la Federazione corrotta, e di liberare i coloni spaziali bombardando la Terra con gli asteroidi. Con l'enorme quantità di polveri e detriti risultanti dalle collisioni a bloccare la luce del Sole, la Terra gelerà, obbligando l'umanità a completare la migrazione verso lo spazio. All'inizio della storia, la flotta di Char sta appena completando la prima parte del suo piano.

Luna 5

Le forze di Neo Zeon di Char stanno muovendo l'asteroide Luna 5 fuori dall'orbita terrestre, con l'obiettivo di colpire la capitale federale di Lhasa, in Tibet. I Londo Bell provano a fermare l'asteroide in caduta, ma sono disperatamente inferiori in numero, e Neo Zeon è in grado di completare l'operazione e ritirarsi. Char stesso si getta nella mischia per recuperare il suo miglior pilota, il newtype artificiale Gyunei Gass, che è messo alle strette dall'asso di Londo Bell Amuro Ray. Quando Luna 5 piomba su Lhasa, Neo Zeon riprende la strada verso il loro rifugio sulla colonia di Sweetwater. Londo Bell avvia l'inseguimento, mentre Amuro si dirige verso la industria lunare della Anaheim Electronics per prendere il suo nuovo mobile suit, l'RX-93 Nu Gundam. Equipaggiato con uno psycoframe - un involucro per cabina di pilotaggio composto di microscopici circuiti psycommu - il Nu Gundam renderà Amuro in grado di combattere i newtype di Neo Zeon ad armi pari.

Londo Bell (bianco)	Neo Zeon (rosso)	Altri (verde)
Londo Bell si scontra con Char Londo Bell insegue la flotta di Neo Zeon Incontro con lo space shuttle in rotta per Londenion	Battaglia tra Char e Amuro La flotta principale di Neo Zeon ritorna a Sweetwater Char va su Londenion	Rotta di volo dello space shuttle Rotta di discesa di Luna 5

L'attacco diversivo

Londo Bell richiama Amuro quando Neo Zeon lancia un attacco improvviso contro i propri inseguitori. Partendo dalla Luna con l'ufficiale tecnico addetta all'RX-93 Chein Hagi , Amuro arriva appena in tempo per ricacciare indietro il nemico. Nel frattempo, senza essere notato da nessuno, Char ed i suoi aiutanti si dirigono verso la colonia Londenion su Side 1. Dopo la battaglia, Londo Bell incontra uno shuttle civile danneggiato, a bordo del quale fra gli altri ci sono l'ufficiale della Federazione Adenauer Paraya e sua figlia Quess. A bordo c'è anche il figlio di Bright Noah, Hathaway che si sta innamorando di Quess. Adenauer ordina alla flotta di Londo Bell di portarlo a Londenion.

Londenion

Arrivati a Londenion, Adenauer, Char, e le rispettive delegazioni iniziano negoziati segreti. Char offre la pace, promettendo il disarmo della propria flotta se la Federazione accetta di vendergli l'asteroide Axis (vedi Z Gundam e Gundam ZZ). Pensando di essersi assicurati la pace, i rappresentanti della Federazione accettano con gioia il pagamento in oro eseguito da Char. Completati i negoziati, Char si rilassa concedendosi un po' di equitazione. Incontra, con notevole tempismo, Amuro, il quale sta accompagnando Quess e Hathaway. I due rivali cominciano a lottare, ma quando Amuro sembra avere la meglio, Quess interviene per proteggere Char. Gyunei arriva a recuperare Char, e Quess è invitata ad accompagnare i rappresentanti di Neo Zeon nel viaggio di ritorno verso Sweetwater. Appare presto chiaro che Quess possiede un enorme potenziale newtype, e Neo Zeon inizia ad addestrarla come pilota di Mobile Suit. Nel frattempo a Londenion il funzionario federale Cameron Bloom si incontra con Bright e gli parla dell'accordo. Sospettando il peggio riguardo le intenzioni di Char, Cameron mette nelle mani di Bright alcune vecchie testate nucleari destinate ad un museo.

Londo Bell (bianco)	Neo Zeon (rosso)
La Ra Cailum ritorna su Londenion Amuro e Char si incontrano	Amuro e Char si incontrano su Londenion; Quess va con Char Char ritorna su Sweetwater Quess avvia l'addestramento; le viene consegnato l'Alpha Azieru La flotta principale di Neo Zeon abbandona Luna II La flotta di Char prende il controllo di Axis

Luna 2

La loro paranoia è giustificata. La flotta di Neo Zeon sembra arrivare alla base federale sull'asteroide Luna 2 per una resa formale come previsto, ma invece bombarda la base, sconfigge la guarnigione federale, e cattura la riserva di armi nucleari. Nella sua prima esperienza di combattimento, Quess distrugge il ponte di una nave federale, proprio quella che ospitava suo padre Adenauer. Nel frattempo Char conduce una forza minore per prendere Axis ed inizia a spostarlo dalla sua orbita. Quando la sua flotta principale ritornerà da Luna 2, le armi nucleari prese verranno caricate sull'asteroide per aumentarne la potenza distruttiva, e l'immenso asteroide sarà lanciato contro la Terra per completare il piano principale di Char. Questa sarà la vittoria definitiva dei coloni spaziali, nonché la vendetta finale di Char nei confronti del suo vecchio nemico Amuro.

Londo Bell (bianco)	Neo Zeon (rosso)
Londo Bell parte, si ferma su Side 6, si dirige verso Luna II Londo Bell capisce il piano di Char di far precipitare Axis sulla Terra e cambia la rotta	La flotta principale di Zeon arriva su Luna II Char avvia il suo piano di far precipitare Axis sulla Terra

Axis

La flotta di Londo Bell attacca Axis con le sue armi nucleari, ma Gyunei e Char sono in grado di intercettare l'attacco dei missili. Le forze di Londo Bell sono costrette a ritirarsi quando la maggior parte della flotta di Char arriva da Luna 2. Axis inizia a muoversi verso la Terra, con la flotta di Char al completo come scorta, mentre entrambe le parti si preparano allo scontro decisivo. Bright ha preparato un piano disperato: condurrà un piccolo gruppo di uomini a piazzare delle bombe all'interno di Axis per farlo esplodere. Nel frattempo i sottoposti di Char sono alle strette tra di loro. Quess ha sviluppato una notevole attrazione per Char, mentre il geloso Gyunei la provoca dicendole che in realtà Char non ha mai dimenticato la scomparsa Lalah Sune. Char da parte sua prova a mettere i due piloti l'uno contro l'altra, dicendo a Quess che lei gli ha fatto dimenticare Lalah, e assicurando a Gyunei invece che egli non ha alcun interesse per Quess. Come se le motivazioni di Char non fossero già abbastanza oscure, ecco che gli uomini di Londo Bell scoprono che la tecnologia psycoframe per il Nu-Gundam è stata fornita dallo stesso Char. Che egli stia organizzando tutto solo per poter affrontare un ultima volta Amuro, batterlo e pareggiare il conto per la morte di Lalah? Persino i seguaci di Char iniziano a chiederselo.

La battaglia finale

Il secondo assalto di Londo Bell inizia, e Quess intercetta le forze nemiche con l'enorme mobile armor Alpha Aziel. Amuro riesce ad evitarla e abbatte Gyunei, dopodiché si getta su Axis per disattivare i motori. Chein prende un mobile suit (il ReGZ) danneggiato e corre ad aiutare Amuro; Hathaway agisce similmente e si getta alla ricerca di Quess, sperando di poterla convincere a rinunciare alla lotta. Chein interrompe il dialogo uccidendo Quess, solo per essere a sua volta colpita dal furioso Hathaway. Amuro trova un incrociatore Neo Zeon intento a scaricare testate nucleari su Axis, e lo distrugge. L'esplosione seguente scuote l'asteroide, decima la flotta di Neo Zeon e attira l'attenzione di Char. Char ed Amuro iniziano un duello con i rispettivi mobile suit, duello interrotto da Amuro, che penetra dentro Axis e finisce di preparare gli esplosivi di Bright. Ricominciato il combattimento, Amuro sconfigge Char e cattura il modulo di salvataggio del suo mobile suit. Le bombe situate all'interno dell'asteroide esplodono, ed Axis si spacca in due, ma Char fa notare compiaciuto che una delle due metà colpirà comunque la Terra, dando inizio alla nuova Era Glaciale.

Conclusione

Dopo aver incastrato il modulo di Char nel frammento dell'asteroide, Amuro tenta senza successo di fermare la caduta della parte di Axis che precipita sulla Terra. Dozzine di mobile suit provano ad aiutarlo, Londo Bell, Federali e persino Neo Zeon, ma Amuro li allontana con i suoi poteri newtype, per evitare che si disintegrino al contatto con l'atmosfera. Fino al loro ultimo respiro Amuro e Char continuano a discutere. Amuro accusa il suo nemico di essere un arrogante elitario, mentre Char deride la fede di Amuro nell'umanità; Amuro accusa Char di aver trasformato Quess in una macchina per uccidere e Char in risposta lo maledice per la tragica morte di Lalah. I due rivali vengono avvolti nel bagliore proveniente dai loro psycoframe, un bagliore che lentamente, ma irresistibilmente avvolge l'asteroide ed inizia a deviarlo. Alla fine la Terra è salva ma non si hanno più notizie di Amuro e Char che risultano dispersi.