Prologo

E' la fine dell'anno 0079 dell'Era Spaziale, nelle ultime settimane della Guerra di Un Anno. Dopo la distruzione della potenza militare della Federazione Terrestre e la conquista da parte di Zeon di metà della superficie terrestre, la Federazione ha finalmente raggiunto la tecnologia di Zeon ed ha cominciato a ricostruire le proprie forze per un contrattacco. Nove mesi dopo l'inizio della guerra, la Federazione ha cominciato la produzione di propri mobile suit ed ha organizzato unità di combattimento per provarli in battaglia.

L'orbita Terrestre

Una nave trasporto è diretta verso la Terra, e sta trasferendo soldati dell'Esercito Federale dalle colonie spaziali verso la Terra. Tra i passeggeri della nave ci sono il giovane ufficiale Shiro Amada e, da poco reclutato, Michel Ninorich. Con la loro attenzione rivolta verso un razzo di segnalazione, i passeggeri notano un mobile suit della Federazione che ha ingaggiato una veloce battaglia contro un prototipo di Zeon. L'incosciente Shiro entra nello scontro con un Ball, uno space pod progettato per lavori pesanti, consentendo al pilota federale di fuggire. Sia il Ball di Shiro che il prototipo nemico vengono distrutti nello scontro ed i piloti sono costretti a trovar rifugio nel relitto di una nave da battaglia. Mettendo da parte le loro differenze, Shiro ed il pilota collaudatore di Zeon, una giovane donna di nome Aina Sahalin, si uniscono per creare un segnale di posizione e vengono recuperati da forze amiche.

Sud-est dell'Asia

Arrivato sulla Terra, Shiro prende il comando dell'Ottavo Plotone Mobile Suit del battaglione Kojima, parte di un gruppo di collaudo stazionato nel sudest asiatico. Oltre a Shiro, i piloti del plotone includono la veterana Karen Joshua ed il duro asso Terry Sanders jr. il pilota della Federazione aiutato da Shiro nello spazio; tutti e tre sono equipaggiati con una versione da massiccia produzione per il combattimento terrestre del Gundam. Michel e lo spensierato Eledore Massis sono assegnati ad operare sul mezzo di supporto del plotone. Quasi immediatamente, il plotone viene impegnato in combattimento per aiutare un altro plotone impegnato in un vicino scontro. Nella successiva battaglia notturna, Shiro si perde e passa gran parte del giorno successivo attraverso la giungla. Nella sua ricerca, passa vicino ad una ragazza che faceva il bagno, e viene ricompensato per le sue occhiate con diversi schiaffi. Per la successiva missione, l'Ottavo Plotone MS viene mandato a catturare un villaggio occupato da Zeon. Shiro ordina ai suoi piloti di dividersi e attaccare il nemico da due lati, ma cade puntualmente in una imboscata dei guerriglieri sulla strada del suo punto di incontro. Questi guerriglieri si rivelano essere compagni di Kiki Rosita, la ragazza incontrata da Shiro precedentemente. Trattando con i guerriglieri, Shiro guadagna il loro aiuto nell'attacco contro l'accampamento di Zeon in cambio di cibo e medicine.

Incubo Volante

Nel frattempo nel sudest asiatico, uno scienziato di Zeon di nome Ginias Sahalin ha completato un ambizioso progetto di sviluppo di una nuova arma. Nella sua base segreta sulle montagne, Ginias ha sviluppato il potente mobile armor Apsalus, capace di volo atmosferico ed armato con un devastante cannone a mega-particelle. Il suo collaudatore è la sorella Aina, la stessa ragazza che Shiro ha incontrato nello spazio. Durante un volo di collaudo, l'Apsalus è intercettato dall'Ottavo Plotone e Shiro ed i suoi uomini riescono a danneggiare il mobile armor, costringendolo ad un atterraggio d'emergenza nelle vicinanze. Poco dopo Eledore, musicista dilettante, viene a sapere che una delle sue canzoni e' stata scelta per un'incisione. Ordina quindi a Michel di aiutarlo a celebrare, ed entrambi scivolano fuori dalla base verso un villaggio vicino. Sfortunatamente, vanno a finire nello stesso villaggio dove l'Apsalus è precipitato, ora occupato da soldati di Zeon impegnati a provare a riparare il mobile armor danneggiato. Velocemente catturati, i due fuggono, ma Eledore viene ferito gravemente nella stessa fuga. Con l'Apsalus modificato e nuovamente in grado di volare, l'Ottavo Plotone viene mandato ad intercettare il suo volo di prova nel deserto. Dopo quasi una settimana di snervante attesa, finalmente avvistano il mobile armor e fanno scattare la loro trappola. Sebbene l'Apsalus fugga, Shiro è in grado di salirci sopra con il suo Gundam ed il mobile armor sovraccarico si schianta sui monti innevati dell'Himalaya. Ancora una volta, Shiro ed Aina sono costretti a cooperare per sopravvivere, ma la crescente "simpatia" che nasce fra i due viene interrotta dall'arrivo delle delle due parti per recuperarli. Per proteggere la creazione del fratello dalla cattura, Aima attiva il sistema di autodistruzione dell'Apsalus e prende un aereo da trasporto federale, poi abbandona Shiro nella neve.

Fuga da Odessa

La Federazione sta intanto portando a conclusione la cosiddetta Operazione Odessa nell'Europa Orientale. Alcuni degli sconfitti di Zeon fuggono nello spazio, ma l'altezzoso generale Yuri Kellarny e i suoi uomini sono lasciati indietro. Yuri decide di guidare le sue truppe rimanenti verso est alla base di ricerca del suo amica Ginias così che possano usare il suo generatore di energia, l'incrociatore spaziale Kerguelen, per ritornare nello spazio. Egli ordina a Ginias di sospendere il suo prezioso progetto di ricerca e di prepararsi per l'arrivo dei fuggitivi. Nel frattempo, un altro gruppo di sbandati di Zeon si apre la strada attraverso le giungle del sudest asiatico. Piombati nel villaggio di Kiki, questo trio di piloti di mobile suit trattiene in ostaggio i guerriglieri per ottenere cibo. Shiro, che è stato confinato all'interno della base come sospetta spia per il suo rapporto con Aina, disobbedisce agli ordini e guida l'Ottavo Plotone in una pericolosa missione di recupero. Nonostante gli sforzi di Shiro per risolvere la situazione senza spargimento di sangue, i guerriglieri vengono quasi tutti uccisi, ed egli e' costretto ad uccidere un pilota di Zeon in preda al panico.

Assedio sulle montagne

Avendo determinato che il progetto Apsalus rappresenta una serie minaccia, l'Esercito Federale ordina al battaglione Kojima di localizzare e distruggere la base segreta di Ginias. Mentre pattuglia l'area, l'Ottavo Plotone incontra il convoglio di trasporti di Yuri Kellarny. Un gruppo di uomini di Yuri riesce a tenere lontani Shiro ed i suoi amici abbastanza a lungo da permettere ai loro compagni di raggiungere la base di Ginias. Yuri attende all'entrata della base che i fedeli subordinati ritornino, in seguito scopre che Ginias li ha chiusi fuori per evitare che interferiscano nel progetto Apsalus. Ginias fa esplodere una bomba per eliminare Yuri, che ha lo sfortunato effetto collaterale di mostrare la locazione della base segreta. Con l'obiettivo localizzato, l'intero battaglione Kojima viene mobilitato per l'assedio della base. Gli ingegneri di Ginias lavorano per completare una nuova, più letale incarnazione dell'Apsalus, mentre il resto del personale della base si prepara per la fuga con il Kerguelen. L'asso di Zeon Norris Packard, leale servitore della famiglia Sahalin, esce per eliminare i mobile suit d'artiglieria dell'Esercito Federale e ripulire uno spazio sicuro per dare la possibilità alla Kerguelen di decollare. Dopo una furiosa battaglia con l'Ottavo Plotone, Norris riesce a spazzare via la batteria di artiglieria al costo della sua stessa vita.

L'attacco finale dell'Apsalus

Mentre Shiro ed i suoi si raggruppano, vedono un qualcosa di spaventoso spuntare dalle rovine della base sulla montagna: un nuovo, Apsalus modificato con Ginias ed Aina ai comandi. Dopo aver spazzato via gran parte delle truppe dell'Esercito Federale, Aina offre un cessate-il-fuoco se il nemico permette al Kerguelen di fuggire. Ma non passa molto dalla partenza del Kerguelen che Ginias apre nuovamente il fuoco e la nave fuggitiva viene abbattuta dai tiratori federali. Stanco del comportamento della sorella, Ginias le spara. Aina cade fuori dalla cabina di pilotaggio dell'Apsalus, solo per essere raccolta dal Gundam di Shiro. Mentre Ginias punta contro i due innamorati il cannone dell'Apsalus, i tiratori federali sparano al mobile armor che, pesantemente danneggiato, si schianta al suolo. Quando le truppe federali corrono per catturare l'Apsalus da poco precipitato, Shiro si precipita per distruggerlo, schiacciando la cabina di pilotaggio del mobile armor proprio mentre spara per l'ultima volta. Il posto di comando federale viene vaporizzato dal colpo partito dall'Apsalus, il mobile armor esplode e Shiro ed Aina spariscono nell'esplosione.

Epilogo

Mesi dopo, la guerra è finita con la vittoria della Federazione Terrestre. Michel Ninorich lascia l'Esercito Federale e, accompagnato da Kiki Rosita, si mette alla ricerca del del suo comandante scomparso. Il loro vagabondare porta Michel e Kiki a un gruppo di bambini che portano il nome di Shiro, Aina, e del resto dell'Ottavo Plotone. Questi bambini si rivelano essere rifugiati dell'istituto di ricerche newtype di Zeon; poiché hanno perso i loro ricordi e con essi i loro nomi, due tipi curiosi gli avevano dato le loro nuove identità. Ora certi che i loro amici sono vivi, Michel e Kiki continuano la ricerca e alla fine trovano Shiro ed Aina che vivono insieme in pace.