Prologo

Dopo la ribellione di Char (in Char's Counterattack) seguirono trent'anni di pace e prosperità. Side 4, distrutta durante la Guerra di un Anno (One Year War), è stata rinominata Frontier Side ed è iniziata la costruzione di nuove colonie.

Allo stesso tempo, una nuova forza si sta preparando a sfidare la Federazione. Reclutati, equipaggiati e addestrati in segreto, i Crossbone Vanguard sono un esercito privato d'elite della famiglia aristocratica dei Ronah. Sono dediti al "principio della nobiltà del cosmo" della famiglia Ronah, il quale sostiene che l'umanità dovrebbe essere guidata dal migliore, dal più saggio, dal più coraggioso - non da insignificanti burocrati e politici corrotti. Ora hanno in mente di creare una società perfetta basata su questi ideali, e hanno scelto il Frontier Side che diverrà la loro "Cosmo Babylonia". Nell'anno 0123 dell'Era Spaziale, i Crossbone Vanguard fanno la loro mossa.

Frontier IV

I Crossbone Vanguard entrano nella colonia di Frontier IV senza avviso. Passando velocemente attraverso la colonia, eliminano efficientemente la guarnigione dell'Esercito Federale, facendo bene attenzione a minimizzare i danni alle cose e le perdite civili - vogliono intatte la colonia e la sua popolazione. Mentre la battaglia infuria, Seabook Arno, Cecily Fairchild e i loro compagni si muovono di nascosto attraverso la colonia, andando alla ricerca del rifugio più vicino, per poi fuggire. Leslie, il padre di Seabook li aiuta a raggiungere l'ultima navetta spaziale di salvataggio della colonia.

Mentre entrano nella navetta spaziale, Cecily viene avvicinata dal suo patrigno. Le viene rivelato di essere un membro della famiglia Ronah, rapita alla sua famiglia da sua madre. Il suo infido patrigno progetta di farla ritornare alla famiglia Ronah, e spara a Seabook quando il ragazzo prova ad intervenire. Cecily viene raggiunta dal suo lontano fratello Dorel, un ufficiale dei Crossbone Vanguard.

I sopravvissuti dell'Esercito Federale abbandonano Frontier IV, lasciandola nelle mani dei Crossbone Vanguard. Così finiscono migliaia di civili, inclusi il ferito Seabook e i suoi amici. L'Esercito Federale e i civili della resistenza si raggruppano su Frontier I, e una colonia industriale con un grande asteroide collegato ad uno degli estremi per gli scavi minerari. Questo esercito improvvisato include la nave addestramento Space Ark dell'Esercito Federale, che recupera la navetta spaziale dove hanno trovato rifugio Seabook e i suoi amici.

Cosmo Babylonia

Sull'occupata Frontier IV, adesso capitale di Cosmo Babylonia, Cecily è stata riconsegnata al patriarca di famiglia Meitzer Ronah e al suo sinistro padre dalla maschera di ferro Karozo. Acconsentendo si servire quale loro burattino, Cecily riprende la sua originaria identità di Berah (o Vera) Ronah e inizia l'addestramento come pilota di mobile suit. Con l'elegante Zabine Chareux, asso dei Crossbone Vanguard, e la sua squadra d'elite Black Vanguard a protezione, Cecily dovrà condurre le sue forze in battaglia come deve fare una vera nobile.

Il Governo Federale riduce all'inizio gli eventi su Frontier IV quale una disputa locale tra semplici spazianoidi. Nel frattempo, i Crossbone Vanguard consolidano la loro posizione su Frontier Side, conquistando Frontier II e III. Poi negoziano un accordo con la Jupiter Energy Fleet, permettendo loro di evitare una possibile interferenza della Federazione con la minaccia di un embargo sull'energia (sebbene questo importante punto della trama non sia presente nella versione finale del film). Ora, per dare ai Crossbone Vanguard il completo controllo di Frontier Side devono essere eliminate le forze della resistenza su Frontier I.

Frontier I

Dorel Ronah guida un attacco su Frontier I. Sebbene si supponga che lo faccia per guadagnare una buna posizione, decide impulsivamente di invadere la parte interna della colonia. L'equipaggio della Space Ark manda in battaglia il prototipo non completo dell'F91 Gundam, scegliendo Seabook quale pilota a causa delle sua credenziali quale studente di ingegneria. Stupendo tutti, le prestazioni dell'F91 sono perfette, e tre mobile suit dei Crossbone Vanguard precipitano in fiamme. Dorel si ritira nel panico.

Con la testa nel pallone per questa vittoria, Seabook intraprende una missione non autorizzata. Entrando di nascosto su Frontier IV, trova Cecily ma viene immediatamente inseguito dalle guardie a sua scorta. Sebbene lui e suo padre Leslie fuggano dalla colonia, Leslie viene mortalmente ferito e muore quando rientrano su Frontier I.

Fuga da Frontier I

I Crossbone Vanguard si radunano per un assalto totale contro l'assediata Frontier I. Comprendendo che gli invasori stermineranno tutte le forze di resistenza, l'equipaggio della Space Ark progetta di abbandonare la colonia appena iniziano i combattimenti.

Dorel avvia un attacco contro la flotta dell'Esercito Federale stazionata fuori della colonia, mentre Zabine guida il suo squadrone Black Vanguard all'interno, solo per vederlo spazzato via da Seabook e i suoi compagni. Seabook e Cecily si scontrano, poi capiscono con chi stanno dando battaglia e uniscono le loro forze. Ritornano insieme sulla Space Ark, che ha raggiunto il punto di attracco della colonia ed è pronta a completare la sua fuga appena si presenta la buona occasione. Qui si uniscono a Monica, la madre di Seabook, progettista dell'avanzato bio-computer del F91.

Bugs

Con l'invasione dei Crossbone Vanguard sventata, Karozo decide di usare le sue armi segrete. All'insaputa dei leader dei Crossbone Vanguard, ha fatto costruire armi automatiche di distruzione chiamate "bugs". Una volta introdotti in uno spazio chiuso - una colonia, sostiene, o la Luna o la Terra - i bugs eliminano efficacemente tutti gli indesiderabili, senza che i loro padroni sian testimoni del massacro. Karozo invia i suoi bugs su Frontier I, mentre lui usa il mobile armor Rafressia per distruggere le forze federali all'esterno della colonia.

Fuggendo dal luogo di carneficina che è diventato Frontier I, Seabook e Cecily si confrontano con il folle padre di Cecily. Karozo fa a pezzi il mobile suit di Cecily e lancia lei nello spazio, ma usando tutte le capacità del considerevole arsenale del Gundam F91, Seabook ha finalmente la meglio sull'uomo dalla maschera di ferro.

Conclusione

Le forze della resistenza su Frontier I sono state spazzate via, ed è sopravvissuta solo la Space Ark. Individuata la Space Ark, Zabine decide di lasciar andare la nave solitaria carica di rifugiati, poi si unisce a Dorel e al resto dei Crossbone Vanguard nel trionfante ritorno a Cosmo Babylonia. Protetti da ulteriori interferenze della Federazione grazie all'accordo con la Jupiter Energy Fleet, riescono a stabilire il loro impero.

Che ne è stato di Seabook? Cerca disperatamente Cecily, lanciata nello spazio da suo padre. Monica lo aiuta a coordinare i sensori del Gundam F91 e i suoi stessi poteri newtype per rintracciare la sua amica dispersa, e mentre Seabook e Cecily si abbracciano, le parole "This is only the beginning" appaiono sullo schermo....