Prologo

150 anni dopo l'inizio del programma di colonizzazione spaziale, e un secolo dopo che il programma di emigrazione era stato fermato così che l'elite della popolazione potesse rimanere sulla Terra, la migrazione dell'umanità nello spazio si stava avvicinando quasi al completamento. La Federazione Terrestre ha trasferito la sua base per le operazioni sulla Luna, lasciando il rovinato pianeta a curarsi i danni provocati dagli abusi dell'uomo. Solo un pugno di residenti legali rimane sulla Terra in poche aree dove poter abitare, mentre i residenti illegali rimangono nascosti in regioni selvagge. Con le sue mansioni riguardanti la colonizzazione spaziale e il controllo della popolazione ormai completate, la Federazione è diventata debole e impotente. Dopo la riuscita sfida dei Crossbone Vanguard (vedi Gundam F91), la Federazione è continuata a decadere, e gli spazianoidi sono diventati più arditi nelle loro agitazioni per avere l'indipendenza.

L'Impero Zanscare Empire

Nell'anno 0149 dell'Era Spaziale, un movimento politico radicale ha preso il potere su Side 2 e ha creato l'indipendente Impero Zanscare. Mentre la santa Regina Maria Pia Ammonia è la leader spirituale dell'impero, il totalitario partito Gachi governa effettivamente a suo nome, spandendo il suo concetto di religione tramite il terrore e la forza militare. La Federazione è troppo debole e preda di conflitti interni per dare una risposta efficace, ma un movimento civile di resistenza chiamato League Militaire si rende conto della minaccia e inizia ad armarsi per controbattere al pericolo dell'Impero Zanscare. Nell'anno 0153 dell'Era Spaziale, prende avvio il vero scontro quando l'Impero Zanscare stabilisce di trasformare la risanata Terra in una patria per i veri credenti. La forza d'elite degli Yellowjacket, appartenente all'Impero Zanscare, invade il pianeta, stabilendo una base avanzata nella città di Largane, nell'Europa Orientale. Nel frattempo, una potente flotta spaziale dell'Impero Zanscare si prepara ad annientare le vicine colonie spaziali. L'ultima speranza per la resistenza è rappresentata dalla League Militaire, le cui fabbriche sotterranee nell'Europa Orientale stanno preparando una serie di mobile suits dall'elevato livello tecnologico per combattere le forze Zanscare...

Point Kasarelia

Vicino alla città diWoowig (oggi conosciuta come Praga, Repubblica Ceca) si trova una regione boscosa chiamata Point Kasarelia, che è la casa di due giovani residenti illegalmente sulla Terra. Sia il tredicenne Uso Ebbing che l'undicenne Shakti Karin sono stati lasciati qui dai loro genitori, e insieme aspettano pazientemente il ritorno delle loro famiglie. La vita tranquilla viene interrotta le forze degli Yellowjacket entrano a Kasarelia, il pilota della League Militaire Marvette Fingerhut. Venendo intrappolati dalla battaglia, Uso aiuta la ferita Marvette a fuggire e cattura uno dei mobile suits degli Yellowjacket, scaraventando l'asso nemico Chronocle Asher nel lago. Uso mette presto in uso il suo mobile suit rubato nella difesa di Woowig, mentre la città viene attaccata dagli Yellowjacket che sono alla ricerca delle fabbriche nascoste della League Militaire. Uso salva la sua amica Katejina Loos dalla città devastata e torna a Kasarelia. Qui si uniscono a Marvette, il resto del gruppo Camion della League Militaire, e un terzetto di bambini rifugiati da Largane. Insieme si aprono la strada verso la fabbrica sotterranea dei combattenti della resistenza a Kolin, dove è stato costruito il mobile suit V Gundam. Uso si sostituisce a Marvette, ancora ferita, diventando il pilota del V Gundam - una decisione che in seguito fa infuriare la sua amica Katejina, che incolpa la League Militaire per la distruzione della sua casa e della sua città.

Becheyne

Ben presto viene scoperta la posizione della fabbrica della League Militaire, e viene avviata una precipitosa evacuazione. Nell'azione, Chronocle cattura Katejina e il comandante del gruppo Camion, l'ultimo dei quali viene ghigliottinato in una orribile cerimonia televisiva. I resti del gruppo Camion si ritirano, con gli Yellowjackets al loro immediato inseguimento. Uso e Shakti cercano di tornare a Kasarelia, ma adesso sono un obiettivo degli Yellowjackets, e la loro sola possibilità di fuga è con il gruppo Camion. Che ne è della catturata Katejina? Affascinata da Chronocle e dalla filosofia Zanscare, diviene velocemente la volenterosa aiutante di Chronocole. Il misterioso comandante della League Militaire fa dirigere il gruppo Camion all'appuntamento presso la base Becheyne dell'Esercito Federale. Lungo la strada si uniscono alla Shrike Team, una squadra d'elite della League Militaire, composta da dam donne piloti di mobile suits comandate dalla vecchia fiamma di Marvette, Oliver Inoue. Giunti a Becheyne, i riuniti membri della League Militaire prendono degli aerei da trasporto dell'Esercito Federale e riprendono il loro viaggio per via aerea.

Arti Gibraltar (Gibilterra)

Gli appartenenti alla League Militaire giungono allo spazioporto di Arti Gibraltar in Spagna, dal quale milioni di persone vennero lanciate nello spazio del periodo di maggior splendore della colonizzazione spaziale. Gli Yellowjackets prendono il controllo di Gibilterra, provocando una feroce battaglia e uccidendo diversi piloti dello Shrike Team. In mezzo alla mischia, Chronocle e Katejina riescono a lanciarsi in uno shuttle spaziale. Si dirigono verso il satellite orbitale d'attacco Kairas Giri quasi completo, dove vengono accolti dal comandante della fortezza Tashiro Vargo. Alle costole di Chronocle ci sono Uso e Marvette, che hanno rubato uno shuttle e si sono lanciati nell'orbita terrestre. Nel frattempo, avendo preso un incrociatore spaziale Reinforce dall'Esercito Federale, il resto dell'equipaggio della League Militaire segue Uso e il suo gruppo nello spazio. Mentre due dei ragazzini profughi vengono assicurati in disparte nello shuttle di Uso, la terza ragazzina convince Shakti a portarla di nascosto a bordo della Reinforce, e l'intero gruppo viene così dislocato nello spazio.

Hiland e Kairas Giri

Nell'orbita terrestre, Uso e i suoi amici si imbattono in una nave pattuglia Zanscare e liberano i bambini che sono ostaggi a bordo di questa nave. Questi ex prigionieri spiegano di essere i figli dell'equipaggio del satellite ad energia solare Hiland, presi in ostaggio per costringere i loro genitori a fornire energia al satellite Kairas Giri. Uso e Marvette ritornano con i bambini sul satellite Hiland e si preparano ad attendere l'arrivo della Reinforce. In rotta per il satellite Hiland, la Reinforce viene attaccata dalle forze Zanscare, con le quali combattono arraggiandosi con qualche aiuto da parte di Uso, Marvette, e una seconda nave della League Militaire. Durante la battaglia comunque, Shakti e la sua compagna clandestina vengono lanciate nello spazio e catturatidalle forze Zanscare. Vengono portate alla fortezza Kairas Giri, dove Chronocle e Tashiro scoprono che Shakti è in realtà la figlia scomparsa della loro marionetta, la Regina Maria, e Chonocle viene inviato alla base principale dell'Impero Zanscare per portarci Shakti. Appena Chronocle parte, la League Militaire lancia un attacco contro Kairas Giri e conquista il satellite.

Amelia

Con la crisi del Kairas Giri risolta, l'equipaggio del satellite Hiland decide di far visita presso le colonie native su Side 2, e i giovani della Hiland ottengono l'appoggio di Uso per aiutarli ed accompagnarli nel viaggio. Una emergenza medica costringe Uso e i suoi compagni ad entrare nel cuore dell'Impero Zanscare, la colonia Amelia di Side 2, dove Uso si riunisce per poco tempo a Shakti. In questo punto, la League Militaire lancia un attacco contro la colonia con l'obiettivo di far richiamare la flotta principale dell'Impero Zanscare ad Amelia. Uso e i suoi amici si riuniscono ai loro compagni, dicendo a Shakti di stare indietro e di badare a sua madre. Tagliati fuori dalla flotta rientrante, Uso, Marvette e i bambini della Hiland sono costretti a rientrare nuovamente su Amelia. Uso e Marvette vengono catturati, e ne viene decisa l'esecuzione ad una adunata pubblica. Alla cerimonia, la Regina Maria predica amore e pace, esegue una spettacolare prova di guarigioni di massa, poi viene portata via mentre i leaders del Partito Gachi ne prendono il posto per presiedere alla pubblica esecuzione. All'ultimo momento, i giovani della Hiland si svelano per liberare Uso e Marvette; grazie all'aiuto di Maria sono in grado di salvare anche Shakti. Viene salvato dalla ghigliottina anche Tashiro Vargo, che sarebbe stato giustiziato per la sua perdita del Kairas Giri.

Fuga da Side 2

Mentre i nostri eroi si aprono la strada fuori di Amelia combattendo, la forza principale della League Militaire ritorna per lanciare un nuovo attacco contro la colonia. La League Militaire progetta di far esplodere la flotta Zanscare con il satellite Kairas Giri da poco conquistato, ma quando il sistema remoto di controllo del satellite viene danneggiato, Uso deve entrare dentro al Kairas Giri e avviare da solo il devastante cannone. L'esplosione spazza via un terzo della flotta Zanscare, e la League Militaire se la batte in una veloce ritirata. Sfuggendo alla collera dell'Impero Zanscare, la League Militaire procede la colonia neutrale di Macedonia su Side 2 e si arrende alle autorità locali. Presso la chiesa del campo dei prigionieri di guerra (POW: Prisoner of War), Oliver - sostituito nel ruolo di comandante dello Shrike Team dopo la morte di tutte le ragazze pilota - alla fine convoglia a nozze con la sua vecchia fiamma Marvette. Tutto è tranquillo fino all'arrivo di Chronocle e della sua flotta Motorad da poco creata, dopo di che i membri della League Militaire fuggono dal campo e si mettono in rotta della Luna. Lungo la strada Uso sopporta una breve ma umiliante prigionia, poi riceve un nuovo e potente mobile suit, lo straordinario V2 Gundam.

Operazione Giant Roller

Raggiunta la Luna, la flotta Motorad e la League Militaire atterrano ambedue vicino alla città lunare neutrale di Saint Josef. Qui Uso incontra sua madre che era scomparsa, l'ingegnere della League Militaire che ha progettato il V2 Gundam, ma la loro felice riunione viene interrotta quando la donna viene catturata dai soldati Zanscare. La flotta Motorad parte dalla Luna per avviare la sua invasione della Terra, e Oliver si sacrifica per rallentare il decollo della flotta nemica. La flotta Motorad scende sulla Terra in Nord America per scatenare la sua missione di distruzione, e la League Militaire inizia una battaglia continua contro questa armata di navi da guerra su ruote. Finalmente, la Federazione Terrestre decide di fermare l'assalto violento della flotta Motorad negoziando un cessate il fuoco con l'Impero Zanscare. Alla vigilia della tregua, gli invasori cercano un ultimo stratagemma basato sull'uso della madre di Uso come scudo. Il trannello finiscve orribilmente male, e la madre di Uso viene uccisa accidentalmente alcuni secondi prima che venga annunciato il cessate il fuoco. Con una tregua temporanea in atto, la flotta Motorad abbandona la Terra. La League Militaire si dirige attraverso l'Atlantico fino in Europa, da dove si lancia nello spazio. Sebbene l'invasione della flotta Motorad sia stata fermata, sanno che la guerra è lontana dal finire.

Angel Halo

Uso e i suoi amici si dirigono verso il satellite a energia solare Hiland, dove si radunano con una flotta combinata della League Militaire e della Federazione Terrestre - una flotta comandata dal padre di Uso, il vero leader della League Militaire. Questa accozzaglia di forze non solo se la deve vedere con l'intera flotta Zanscare, ma anche con la loro ultima arma, la fortezza da guerra psycommu Angel Halo. Usando questa immensa arma psichica, alimentata da decine di migliaia di civili newtype e controllati dali poteri sovrannaturali della Regina Maria, l'Impero Zanscare ha intenzione di colpire le menti degli abitanti della Terra e attuare un genocidio psichico senza spargimento di sangue. Mentre le forze della League Militaire e della Federazione si aprono la strada attraverso le difese dell'Angel Halo, la fotezza viene attivata e inizia la sua discesa sulla Terra. Disperata mentre tenta di allontanare questa minaccia incombente, la Regina Maria viene presa in ostaggio dal cospiratore Tashiro Vargo. Ma quando la regina usa i suoi poteri per chiedere aiuto ad Uso, Tashiro si infuria, uccide la non cooperativa Maria, flies into a rage, slays the uncooperative Maria, e viene vaporizzato dall'addolorato eroe. L'Angel Halo entra nell'atmosfera Terrestre, e la League Militaire, la Federazione Terrestre e le forze danno avvio a una catastrofica battaglia finale.

Conclusione

Consegnandosi all'Impero Zanscare, Shakti si offre di prendere il posto della madre, poi inizia ad usare gli stessi poteri dell'Angel Halo per smontarlo. L'immensa arma psichica si spezza in vari frammenti, che vengono raccolti dai combattenti e le loro navi e portati nello spazio. Nel frattempo Uso sconfigge il suo rivale Chronocle e si dirige verso il cuore dell'Angel Halo per salvare Shakti, solo per confrontarsi con il suo ultimo nemico - l'implacabile e odiosa Katejina. La prova di forza tra Uso e la sua lontana amica culmina in una esplosione disastrosa, che manda lontano in mille pezzi i resti dell'Angel Halo... La guerra è finita, i leaders uccisi, e i soldati morti a causa dei poteri dell'Angel Halo. I sopravvissuti di questo sanguinoso conflitto - Uso, Shakti, i loro amici orfani, e Marvette, in attesa del figlio di Oliver - si sistemano a Point Kasarelia. Poi un giorno, mentre i suoi amici stanno visitando le tombe dei compagni caduti, Shakti incontra una mendicante cieca che cercava la strada per Woowig. Shakti aiuta la vagabonda, ma quando Uso e gli altri ritornano, lei non può decidersi a dire loro quello che ha visto: quella vagabonda storpia e miserabile era l'orgogliosa Katejina.