Prologo

I Titani sono stati sconfitti, ed in seguito alla grande guerra civile, Haman Khan fa la sua mossa. All'inizio dell'anno 0088 dell'Era Spaziale, la sua armata di reduci di Zeon, che è ritornata verso la Terra a bordo dell'asteroide Axis, si dichiara Neo Zeon. Cercando di ottenere l'aiuto delle colonie spaziali per la propria causa, Haman disperde la flotta Neo Zeon, e mandando ogni nave ad incontrare gli abitanti di una differente colonia. Una di tali navi è l'incrociatore Endora, sotto il comando del giovane ufficiale Mashma Serro, che ha ricevuto l'incarico di recarsi presso la colonia Shangri-La di Side 1. Per pura coincidenza questa è anche la colonia dove attracca la Argama, l'ammiraglia di A.E.U.G., esausta e malridotta.

Shangri-La

Shangri-La, la prima colonia costruita su Side 1, è ora un insieme di baracche e catapecchie. Uno dei suoi abitanti è il quattordicenne Judau Ashta, che passa i fine settimana recuperando rottami metallici. Judau osserva l'arrivo della Argama, poi recupera una capsula di salvataggio di mobile suit alla deriva. Portata la capsula all'interno della colonia, Judau ed i suoi amici scoprono che l'occupante è un pilota dei Titani, Yazzan Gable, che era alla deriva dalla sconfitta dei Titani. Yazzan riprende conoscenza ed immediatamente obbliga Judau e i suoi amici ad aiutarlo contro la Argama ed il suo equipaggio. Yazzan conduce i ragazzi nel porto di Shangri-La, dove progetta di catturare lo Zeta Gundam e dell'Argama. Qui Judau incontra il precedente pilota dello Zeta, Camille Vidan, attualmente in coma, e condivide con lui una strana esperienza di legame psichico newtype. Riesce allora a prendere egli stesso lo Zeta ed inizia una battaglia con il mobile suit da lavoro di Yazzan. Nonostante l'inesperienza, Judau riesce a sconfiggere il mobile suit di Yazzan , e in seguito A.E.U.G. riprende lo Zeta. L'incrociatore di Neo Zeon Endora arriva sulla colonia, ed il suo comandante, Mashma Serro corrompe gli amministratori della colonia, ottenendo la possibilità di far entrare la Endora nel porto di Shangri-La. Mentre l'Endora attracca, l'Argama si muove verso l'interno della colonia e si nasconde nella discarica. Nei giorni successivi, mentre Mashma e i suoi setacciano la colonia alla ricerca della Argama, Judau si addestra pilotando lo Zeta con sempre maggiore abilità. Il Capitano della Argama Bright Noah chiede a Judau , a sua sorella Lina ed ai loro amici di unirsi all'equipaggio, e dopo qualche esitazione da parte di Judau accettano. La Argama lascia allora Shangri-La per incontrarsi con la nave rifornimento La Vie En Rose, con la Endora alle costole. Camille, ancora in stato vegetativo, viene lasciato indietro e la sua ragazza Fa decide di rimanere con lui.

La Vie En Rose

Dopo essersi difesa dai continui attacchi di Mashima e di Cyara Sun,la Argama raggiunge La Vie En Rose ed ottiene l'ultimo mobile suit sviluppato dalla Anaheim, lo ZZ Gundam. Grazie all'enorme potenza di fuoco dello ZZ Judau e' in grado di respingere il nemico efficacemente, ma sua sorella Lina si perde nello spazio cade nelle mani di Neo-Zeon. Il giovane ufficiale Gremmi Toto prende Lina, prigioniera, sotto la sua ala, decidendo inaspettatamente di educarla e darle una cultura. Gremmi si prende già cura di un'altra bambina di 10 anni, l'eccentrica newtype Elpe Puru, la più piccola pilota di Neo Zeon.

Axis

Dopo essere stata dotata di un nuovo potente cannone da La Vie En Rose, la Argama decide di attaccare l'asteroide Axis. Sospettando che sua sorella sia tenuta prigioniera all'interno dell'asteroide, Judau decide quindi di uscire per tentare di liberarla prima dell'attacco della Argama. Introdottosi nell'asteroide, Judau incontra Haman in persona - senza parlare di Puru che lo accoglie come un fratello. Sebbene il tentativo di Judau di liberare la sorella fallisca, fortunatamente l'attacco dell'Argama è inefficace.

Dakar

Nel frattempo, Haman ha riunito le proprie forze per una nuova operazione. Dato che nessuno dei suoi ha avuto miglior fortuna di Mashma nell'assicurarsi l'appoggio delle colonie, ha deciso di puntare sulla Federazione stessa. La potente flotta di Neo Zeon vola per occupare Dakar ed obbligare il governo della Federazione tenuto in ostaggio a darle il controllo di Side 3. Sebbene la Argama provi a bloccare l'invasione di Neo Zeon, il suo equipaggio scopre che le forze avanzate del nemico hanno già occupato la capitale federale. La Argama scende sulla Terra e manda il suo "Gundam Team" in un viaggio attraverso il Nord Africa. I giovani piloti di mobile suits, tra i quali c'e' ora Puru, si dirigono attraverso il deserto fino a Dakar. Il Gundam Team, la Argama ed la Karaba riuniscono le forze per un attacco alla capitale occupata, durante il quale Judau rivede brevemente Lina - la quale e' coinvolta in una disastrosa esplosione durante la battaglia.

Dublino

In fuga dall'Africa, la Argama si dirige verso il quartier generale segreto della Federazione a Dublino, in Irlanda. Qui Bright si incontra con i più alti ufficiali della Federazione, che lo informano di aver fatto un accordo di pace con Haman e che hanno ceduto il controllo di Side 3 a Neo Zeon. Nella speranza di accelerare il processo, Haman lancia una colonia su Dublino come dimostrazione di forza; la Federazione fugge velocemente, senza preoccuparsi dei civili. Entrati in azione, A.E.U.G. e la Karaba riescono a mettere in salvo la maggior parte della popolazione di Dublino prima dell'impatto della colonia. Il nemico mette in atto un'altra brutta sorpresa quando Gremmi si dimostra in realtà un vero criminale mandando un doppione di Puru contro la Argama. Si viene a sapere che egli possiede un piccolo esercito di cloni di Puru congelati, e la Puru che si e' unita all'equipaggio della Argama e' totalmente sacrificabile. Puru Due appena risvegliata elimina senza alcun rimorso la propria gemella.

Side 3

Costretta dalle circostanze, la Federazione conclude i negoziati sciogliendo la Repubblica di Zeon e mettendo Side 3 nelle mani di Neo Zeon. Soddisfatta, Haman e le sue forze lasciano la Terra e si dirigono verso Side 3 per essere riarmati. Ritornata nello spazio, la Argama ed i suoi giovani piloti sono informati che la guerra è finita. Ma per coincidenza Judau ed i suoi amici si ritrovano al controllo della nuovissima nave da battaglia di A.E.U.G., la Nahal Argama, a bordo della quale salpano verso Side 3 per fermare Haman, con la benedizione di Bright. Nel frattempo Haman deve affrontare un'altra sfida. L'ambizioso Gremmi, affermando infatti di essere il discendente, frutto d'ingegneria genetica, di Giren Zabi e di avere quindi gli stessi diritti di Mineva, inizia una ribellione contro Haman, dividendo le forze di Neo Zeon in due. Giudicando Haman il minore dei due mali, la Nahal Argama col suo equipaggio entra in campo attaccando Gremmi ed i suoi seguaci. La guerra civile di Neo-Zeon e' breve ma feroce. Nonostante la sua flotta non sia paragonabile a quella di Haman, Gremmi prende il controllo di Axis, e ne lancia la sezione staccabile, Mowsa, contro la roccaforte di Haman, la colonia Core 3 - che successivamente attacca in prima persona con il corpo principale di Axis. Judau ed i suoi compagni affrontano Gremmi ed una ormai pentita Puru 2, uccidendo il primo e infliggendo involontariamente la morta alla seconda. Le forze di Gremmi sono sconfitte e la flotta di Haman e' ridotta ad una manciata di mezzi. Ora che Neo-Zeon e' una minaccia affrontabile, A.E.U.G. e l'Esercito Federale decidono finalmente di intervenire, mandando una flotta a disperdere le rimanenti truppe di Haman. Nel frattempo, Judo ed Haman si affrontano in un ultimo duello all'interno della sezione staccabile di Axis, Mowsa; sconfitta, Haman si uccide piuttosto che vivere in disgrazia. Con la battaglia finita l'Esercito Federale ed A.E.U.G. arrivano per prendersi il merito della vittoria. Scoprono però che Mineva è scomparsa, lasciando dietro di se solo un pupazzo che la rappresenta.

Conclusione

Disgustati dalla codardia e dalla corruzione degli adulti, Judau e la sua vecchia amica, ora ragazza Roux Louka si uniscono all'equipaggio di una nave trasporto energia ed iniziano il lungo viaggio verso Giove. Appena prima della partenza della nave Judau si riunisce con sua sorella Lina, che in realtà non era morta. Sulla Terra Fa e Camille, convalescente, giocano sulla spiaggia.