Raww spara allo Strike Gundam, ma la corazza Phase Shift deflette il suo attacco, quindi dirige il suo mirino verso l'Archangel, al cui timone c'è Neumann che riesce a schivare la raffica e consente a Natarle di rispondere con dei missili. Raww li evita a sua volta e questi proseguono la loro corsa e vanno a colpire l'asse centrale di Heliopolis danneggiandolo.
Kira impugna l'Agni impulse cannon e spara a Raww, la salva colpisce e danneggia il CGUE ma allo stesso tempo apre un largo squarcio nel lato della colonia. Raww rimane sorpreso dalla potenza di fuoco dell'arma impugnata dal mobile suit dell'Alleanza e fugge. La Archangel atterra e tutti vengono presi a bordo, i membri dell'equipaggio del ponte sono sorpresi che un ragazzo come Kira abbia pilotato lo Strike Gundam. Mwu si informa su chi sia al comando, Natarle spiega che quasi tutti i membri dell'equipaggio sono stati uccisi durante l'attacco e l'ufficiale più alto in grado è Murrue; Mwu chiede il permesso di essere preso a bordo poiché la sua nave è stata distrutta, quindi rivolgendosi a Kira gli cheide se è un Coordinator, ma quando Kira conferma di esserlo diversi soldati gli puntano contro l'arma.
Athrun, ormai al sicuro sulla Vesalius, è intento a lavorare sul sistema operativo dell'Aegis Gundam. Anche Raww è tornato sulla nave e si dedica alla visione del video dello scontro fra Miguel e Kira; studiato il filmato, ordina ad Athrun e Miguel di catturare lo Strike Gundam e l'Archangel e se ciò non fosse possibile devono essere distrutti. Athrun vorrebbe combattere, ma Ades lo convince a lasciar andare Miguel che deve liberarsi dalla frustrazione.
I soldati della Archangel stanno ancora tenendo sotto tiro Kira mentre Tolle cerca di spiegare che il suo amico non è un soldato di ZAFT, solo l'intervento di Murrue che ordina agli uomini di abbassare le armi sortisce gli effetti desiderati, poi il capitano della Archangel spiega all'equipaggio come si sono svolti i fatti e che è solo grazie alla distruzione del GINN da parte di Kira se tutti loro sono salvi. Il ragazzo quindi spiega di essere un Coordinator di prima generazione, cioè i geni dei suoi genitori non erano stati modificati. Mwu è rimasto colpito che un ragazzo sia stato in grado di combattere con lo Strike quando nelle simulazioni il pilota designato era a malapena riuscito a farlo muovere.
Missili pesanti vengono caricati sui GINN; intanto Nicol, Dearka e Yzak discutono su cosa cosa possa accadere in seguito, Yzak ritiene ridicolo per Heliopolis continuare a considerarsi neutrale. Kira cerca di riposarsi, Kuzzey invece si dedica alle riparazioni dello Strike Gundam e del Moebius Zero, quando accede alla cabina del Gundam si accorge che il sistema operativo del mobile suit è stato cambiato, ma non capisce quando Kira abbia avuto il tempo per una simile operazione, poi si chiede se i Natural possano vincere una guerra contro i Coordinator di ZAFT.

Murrue avverte Natarle e Mwu che tutti i cittadini sono stati evacuati nei rifugi, che a loro volta possono essere separati dalla colonia come scialuppe di salvataggio. Mwu vuole sapere che intenzioni ha Murrue con i ragazzi, Natarle ritiene che dovrebbero rimanere a bordo perché hanno visto segreti militari. Mwu osserva che sicuramente ci sarà una grande battaglia nel momento in cui lasceranno la colonia, Murrue vorrebbe usare ancora Kira come pilota dello Strike Gundam; Natarle non si trova affatto d'accordo sulla scelta perché ritiene che un mobile suit non possa essere affidato ad un ragazzo e vede in Mwu il più indicato al ruolo di pilota del nuovo mobile suit. Mwu spiega che non può più pilotare il mezzo perché Kira ne ha modificato l'OS in maniera tale che un Natural non può nemmeno maneggiarlo.
La scelta è quindi obbligata e Murrue chiede a Kira di tornare ai comandi dello Strike quando saranno pronti per lasciare la colonia, il ragazzo si rifiuta per via del suo odio verso la guerra, lo stesso odio che lo portò a vivere proprio sulla colonia neutrale di Heliopolis. ZAFT utilizza gli N-Jammer per bloccare le comunicazioni radio, Mwu intuisce che sta per arrivare un attacco, quindi chiama Murrue e le dice che deve essere lei ad assumere il ruolo di capitano, sia perché è la più alta in grado sia perché lui non sa nulla della nave, Murrue esita perché ritiene di non essere la persona più indicata, ma poi si decide ed ordina a tutto l'equipaggio di andare ai posti di combattimento.
Sulla Vesalius, Miguel parte a bordo di un nuovo GINN assieme ad altri due pilotati rispettivamente da Aurol e Matthew. Athrun li segue con l'Aegis Gundam nonostante gli fosse stato ordinato diversamente, Raww però decide di lasciarlo andare perché, dice ad Ades, potrebbe rivelarsi interessante. I GINN bucano la colonia e volano all'interno scortati da Athrun, la Archangel spara con i suoi cannoni ai MS avversari, ma riesce solamente a danneggiare accidentalmente la colonia; anche Miguel spara incautamente con il suo cannone ad alta energia verso Kira, ma ottiene solo di compromettere ulteriormente l'asse centrale della colonia. Kira risponde agli attacchi lanciando un beam boomerang per tagliare le gambe del GINN e lo finisce con la spada antinave Schwert Gewehr; la Archangel distrugge gli altri GINN, ma i loro missili pesanti sono già stati lanciati e colpiscono il "central core" della colonia. Kira e Athrun non possono far altro che osservare la scena della colonia che si frantuma chiedendosi l'un l'altro cosa mai stessero facendo. I rifugi in cui gli abitanti si erano rifugiati si separano dalla colonia distrutta, in uno di questi Cagalli attende seduta; tutto il contenuto della colonia viene risucchiato nello spazio, compreso il Gundam con Kira a bordo.
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