Prologo

Nel dicembre dell'anno 0079 dell'Era Spaziale, la One Year War sta giungendo alla fine, ed ormai sembra inevitabile la sconfitta del Ducato di Zeon da parte dell'Esercito Federale Terrestre. La Repubblica di Riah su Side 6, dichiaratasi neutrale, sta avviando con molta calma un trattato di difesa con la Federazione Terrestre e il posizionamento di guarnigioni dell'Esercito Federale nelle colonie spaziali di Side 6. Nel frattempo, in una base segreta nell'Artico, gli ingegneri federali stanno sviluppando una versione potenziata del Gundam da immettere nel conflitto per affrettare la loro imminente vittoria.

Il Polo Nord

La Pattuglia dei Ciclopi, una unità d'elite delle forze speciali di Zeon, viene inviata sulla Terra per distruggere un'arma segreta progettata presso la base artica dell'Esercito Federale. Il Capitano Steiner e i suoi uomini lanciano un assalto anfibio e superano le difese della base, ma le truppe dell'Esercito Federale riescono a caricare la loro arma in uno shuttle e a spedirlo nello spazio. La missione di Steiner fallisce, e uno dei suoi uomini muore nel tentativo di fermare il lancio dello shuttle.

Libot

La colonia spaziale di Libot, situata nella neutrale Side 6, è rimasta lontana dagli orrori della guerra. Per i bambini come l'undicenne Alfred "Al" Izuruha, la guerra è uno spettacolo affascinante, e lui e i suoi amici passano il tempo disegnando mobile suits e collezionando oggetti militari. Per una scommessa, Al cerca di ottenere la prova che la Federazione Terrestre ha i propri mobile suits. Dato che suo padre lavora per una compagnia di trasporti, Al è in grado di entrare nello spazioporto di Libot, ma con la videocamera riesce a registrare solo delle immagini del misterioso carico appena scaricato da uno shuttle. Sulla strada di casa Al, con la testa fra le nuvole, sbatte contro la sua vecchia vicina Christina "Chris" MacKenzie la quale è appena tornata su Libot dopo che, arruolatasi nell'Esercito Federale, ha passato gli ultimi due anni sulla Terra. Il giorno dopo, scoppia all'interno della colonia uno scontro fra mobile suits di Zeon, che hanno passato le difese esterne e sono entrati nella colonia, e la guarnigione federale. Al, affascinato dallo scontro,si mette a correre dietro a uno Zaku danneggiato fino al punto dove precipita e incontra il pilota del mezzo, Bernard "Bernie" Wiseman. Bernie baratta il suo stemma con i gradi per la videocamera di Al, e in seguito viene recuperato dai suoi compagni che si stanno ritirando dalla colonia.

Granada

Le truppe di Zeon rientrano alla base lunare di Granada. Qui vengono esaminate le immagini della videocamera di Al riguardanti il carico dello shuttle e si scopre che è lo stesso shuttle lanciato dalla base artica dell'Esercito Federale. L'intrigante Colonnello Killing ordina alla Pattuglia dei Ciclopi di infiltrarsi a Libot e localizzare l'arma segreta racchiusa nei container dello shuttle che si pensa possa essere un modello di Gundam progettato per essere usato dai piloti newtype. In risposta alla richiesta da parte della Pattuglia dei Ciclopi di avere un nuovo pilota esperto per sostituire il loro compagno morto nella precedente missione nell'Artico, Killing assegna loro l'inesperto Bernie. Steiner informa Bernie sui piani della missione e gli fa fare conoscienza con gli altri membri del gruppo, Mikhail "Misha" Kaminsky e Gabriel Ramirez Garcia.

L'Operazione Rubicone

Mentre le truppe di Zeon svolgono un attacco diversivo contro Libot, Bernie pilota una nave trasporto contenente il mobile suit Kaempfer smontato fino alla colonia. Qui incontra i membri della Pattuglia dei Ciclopi travestiti, e trasferiscono i container con i pezzi del mobile suit fino ad un magazzino per svolgere il riassemblamento. Lungo la strada vengono scoperti da Al; riconosciuto Bernie, il ragazzo segue la Pattuglia dei Ciclopi fino al loro magazzino e chiede di unirsi a loro. Dopo che Al dice loro dove ha visto i contenitori che aveva ripreso con la videocamera, gli viene dato uno stemma della Pattuglia dei Ciclopi e viene nominato membro onorario dell'unità. Ma a dire il vero lo stemma è in realtà una microspia, e viene ordinato a Bernie di controllare Al per essere sicuri che non dica niente a nessuno riguardo ai loro movimenti. Vedendo Bernie muoversi intorno alla casa di Al, Chris pensa che sia un ladro e lo colpisce con una mazza da baseball. Al spiega che Bernie è un fratellastro segreto e la ragazza pentita li invita a prendere un tè con lei e i suoi genitori. Il giorno dopo la Pattuglia dei Ciclopi si libera temporaneamente di Bernie e Al mandandoli a scoprire il luogo nascosto dove tengono l'arma segreta dell'Esercito Federale mentre Steiner va a chiedere informazioni ad una spia locale di Zeon. Inaspettatamente Bernie ed Al riescono a scoprire il luogo dove tengono il modello sperimentale di Gundam e ritornano alla base con delle immagini del mobile suit. Dopo essere stato rimproverato aspramente per i rischi corsi, Bernie riaccompagna a casa Al e saluta Chris dandole la buonanotte. Finalmente la Pattuglia dei Ciclopi è pronta al combattimento. Sebbene Steiner abbia compreso che Killing li ha usati soltanto per avere la conferma della presenza del nuovo modello di Gundam sulla colonia, continua nella missione ben comprendendo che è una missione suicida. Mentre Misha, a bordo del Kaempfer, distrae le forze di difesa, Steiner, Bernie e Garcia si infiltrano nella base segreta travestiti da soldati dell'Esercito Federale. Al si infiltra di nascosto nella base giusto in tempo per vedere la manovra della Pattuglia dei Ciclopi degenerare in un sanguinario scontro a fuoco, nel quale Steiner viene mortalmente ferito e Garcia si suicida in un attacco kamikaze nel tentativo vano di distruggere Gundam. Arrivato per scontrarsi con Gundam, anche Misha viene ucciso mentre Steiner muore fra le braccia di Bernie.

La soluzione finale

Venuto a sapere del fallimento della missione della Pattuglia dei Ciclopi, Killing ordina una soluzione estrema per risolvere il problema di Gundam. Assassinato il suo ufficiale al comando e preso il controllo della base di Granada, progetta di fare di Libot un esempio per tutti attaccando la colonia con armi nucleari contravvenendo agli accordi del Trattato Antartico, Se Gundam non viene distrutto per il giorno di Natale, la colonia pagherà con l'annientamento per essersi schierata con la Federazione Terrestre. Venuto a conoscenza dei piani di Killing, Bernie in un primo momento decide di abbandonare la colonia. Quando Al cerca di convincerlo di rimanere per combattere Gundam, Bernie gli mostra lo stemma con la microspia e li rivela gli inganni che gli hanno fatto quelli della Pattuglia dei Ciclopi. Al cerca di chiamare la polizia ma lo cacciano ricordandosi delle fughe e degli scherzi fatti. Fortunatamente Bernie cambia la sua decisione e sceglie di scontrarsi con Gundam per salvare la colonia e tutti i suoi abitanti, così lui ed Al riparano lo Zaku con il quale Bernie era precipitato poco tempo prima sulla colonie e realizzano un piano di battaglia. Alla vigilia di Natale, Bernie consegna ad Al un messaggio video di addio, guarda malinconico Chris con i suoi genitori, poi si prepara alla missione del giorno successivo. Il giorno di Natale, Al con sua madre raggiunge il padre allo spazioporto. Il padre di Al racconta che, mentre passava, è stato testimone di una battaglia fra le flotte di Zeon e della Federazione, una battaglia finita con la resa di una nave di Zeon armata con bombe nucleari. Al comprende che non c'è più nessun problema, ma non riesce a raggiungere Bernie prima dell'inizio dello scontro con Gundam. Avviene una battaglia nella quale Bernie riesce a far spostare Gundam dalla zona urbana della colonia fino alla foresta dove ha posizionato le sue trappole. Al raggiunge il campo di battaglia giusto in tempo per vedere lo Zaku e Gundam distruggersi l'un l'altro. Bernie viene ucciso e, dalla cabina di comando del Gundam, i medici federali estraggono non cosciente il pilota del Gundam, la collaudatrice Christina MacKenzie.

La conclusione

Passano un paio di settimane. La guerra è finita, e la Repubblica di Riah ha ufficializzato il suo trattato di difesa con la parte vincente nel conflitto, la Federazione Terrestre. Al guarda il messaggio d'addio di Bernie, successivamente dice addio anche a Chris che parte per la Terra, promettendole di dare i suoi saluti a Bernie. La scuola di Al, che era stata danneggiata dall'attacco del Kaempfer, riapre e il preside pronuncia un discorso sui costi e i sacrifici che la guerra impone e il dovere dei ragazzi di lottare per la pace. Per il dolore e il ricordo di Bernie, Al scoppia in lacrime e confonde gli amici che cercano di consolarlo, assicurandogli che prossimamente sarebbe scoppiata una nuova guerra ancora più grande.