Gundam Vs Z Gundam è uguale a
Kidou Senshi Gundam Federation Vs Zeon e a AEUG Vs Titans come stile di gioco, sono però presenti alcune modalità in più rispetto ai precedenti, come la "
UC mode": in questa modalità si deve scegliere con chi cominciare la storia, cioè o con Zeon o con i Titans o con l'AEUG; dopo aver scelto la parte, si segue la storia delle serie
Z Gundam e
Mobile Suit Gundam usando Amuro, Kamiyu e molti altri. Un'altra modalità è il "
versus": qui dovrete sfidarvi ad uno contro l'altro o 2 contro 2 (Con la versione Game Cube fino ad un massimo di 4 giocatori contemporaneamente). L'ultima modalità è il "
survivor" in cui dovete resistere il più possibile.
Una novità di questo gioco è la possibilità di scegliere 3 tipi di barre combination e scegliere, prima di cominciare la missione, la formazione che si utilizzerà successivamente. La prima barra aumenta la difesa, la velocità e la forza d'attacco del mobile suit, la seconda, una volta azzerata, se state per essere distrutti e ricevete il colpo finale, vi distruggeranno per esempio un braccio oppure una gamba, inoltre fino a che la barra non si è consumata avrete un bonus di potenza, velocità e difesa, l'ultima barra serve ad aumentare la velocità del mobile suit.