Nell'anno 70 della Cosmic Era (C.E.), la tensione è alta fra l'Alleanza Terrestre (Chikyuu Rengou) e Z.A.F.T. (Zodiac Alliance of Freedom Treaty, da qui in poi semplicemente ZAFT). In seguito alla battaglia chiamata “Bloody valentine”, nella quale furono usate testate nucleari per distruggere la colonia spaziale di PLANT chiamata Junius Seven, scoppiò una guerra ad oltranza. Tuttavia, malgrado la superiorità numerica dell'Alleanza Terrestre nei confronti di ZAFT, la guerra si protraeva da 11 mesi.
Nel C.E. 71, il sedicenne studente di ingegneria Kira Yamato lavora sul suo laptop nella colonia neutrale di Heliopolis quando gli fanno visita i suoi amici Tolle Koening e Miriallia Haw e assieme guardano il video di un attacco da parte di ZAFT alla città taiwanese di Kaoshiung. Miriallia si dimostra preoccupata della guerra, ma Tolle osserva che la posizione di neutralità assunta da Heliopolis rende il suo coinvolgimento negli scontri estremamente improbabile; intanto Kira osservando Torii, il suo uccellino robot, ricorda quando suo amico Athrun Zala glielo regalò.
Una nave dell'Alleanza ormeggia a Heliopolis, a bordo si trova l'asso Mwu La Flaga e i cinque piloti collaudatori destinati ai nuovi e segreti mobile suit sviluppati dall'esercito. Mwu si stizzisce quando Il capitano ripete che ZAFT non oserà attaccare una colonia neutrale di Orb.
Nello spazio la nave Vesalius, di classe Nazca, e la Gamow (classe Laurasia) si nascondono dietro un asteroide. Sulla Vesalius, un uomo mascherato di nome Raww Le Creuset discute sulle informazioni ricevute relative ai Gundam con il Capitano Fredrik Ades, intanto dei vascelli più piccoli vengono lanciati da entrambe le navi e raggiungono Heliopolis.
Kira, Miriallia e Tolle escono per far visita al professor Kato e si imbattono in una ragazza, Fllay Allster, che sta parlando con alcune sue amiche. Una ufficiale militare di nome Natarle Badgiruel passa accanto al gruppo e sale una macchina automatica, stessa cosa fanno Fllay e le sue amiche insieme a Kira e il suo gruppo, poi tutti assieme si dirigono verso il centro di ricerca situato a Morgenroete. Nello spazio, i soldati di ZAFT si infiltrano nella colonia e raggiungono lo spazioporto dove è ormeggiata la nave dell'Alleanza Archangel e piazzano bombe tutto attorno all'area dove è stazionata la nave.

Giunto nel laboratorio del professor Kato, Kira incontra Sai Argyle, un suo amico che sta lavorando su un esoscheletro robotico; nella stanza c'è anche Cagalli Yula Athha, una ragazza ospite del professore, che tenta, senza farsi notare, di entrare nell'ufficio di Kato, ma lo trova chiuso a chiave. In quello stesso istante nello spazio Raww dà il segnale di attacco alla Vesalius, da cui vengono lanciati svariati mobile suit GINN in direzione di Heliopolis. Il governo della colonia intima alle forze di ZAFT di non avvicinarsi, ma le navi stanno già diffondendo onde d'interferenza per disturbare le comunicazioni. Nel momento in cui i GINN approdano, Heliopolis manda fuori diversi pod Mistral per tentare di difendere la colonia.
Le bombe piazzate dai soldati di ZAFT esplodono, uccidendo molti dei membri dell'equipaggio della Archangel, incluso il capitano; Mwu decide di decollare con il suo mobile armor Moebius Zero per unirsi a due due mobile armor Moebius ed affrontare il nemico. I Mistral e i Moebius vengono tutti distrutti, solo Mwu riesce a danneggiare un GINN.
Molti dei mobile suit di ZAFT entrano ad Heliopolis e iniziano ad attaccare la città, principalmente l'area dove il Tenente Murrue Ramius sta supervisionando il trasporto dei cinque prototipi di Gundam. Gli amici di Kira evacuano la scuola mentre lui insegue Cagalli che corre via dall'uscita. I GINN distruggono tutte le forze di terra dell'Alleanza nei pressi dei Gundam e i soldati di ZAFT scendono a terra ed iniziano l'attacco contro le truppe dell'Alleanza armati di mitragliatrici e granate.
Kira raggiunge Cagalli e rimane sorpreso dal vedere una ragazza sotto ad un abbigliamento così mascolino, non c'è però il tempo per rimuginare. Cagalli vorrebbe tornare indietro, ma la strada è bloccata allora Kira prende l'iniziativa e si dirige verso la zona industriale nella speranza di trovare un rifugio. Il tunnel conduce i due proprio in mezzo ai combattimenti, là dove due dei nuovi mobile suit delle Forze Terrestri sono contesi a colpi di arma da fuoco, appena Cagalli vede i due MS inveisce contro suo padre accusandolo di essere un traditore; Murrue li vede e gli spara, scambiandoli erroneamente per soldati di ZAFT. Nelle vicinanze, Dearka Elsman, Yzak Joule e Nicol Amalfi rubano il Buster Gundam, il Duel Gundam e il Blitz Gundam.
Kira e Cagalli raggiungono finalmente un rifugio, il ragazzo convince le persone al suo interno a prendere con loro Cagalli, poi tenta di raggiungere un altro rifugio, ma incrocia nuovamente la strada di Murrue e la salva avvertendola che un soldato di ZAFT le sta per sparare alle spalle. L'area nelle vicinanze esplode, così Kira decide di saltare dalla balaustra su cui si trova sullo Strike Gundam. Il pilota di ZAFT Rusty viene ucciso, Athrun si precipita verso di lui e spara ad un braccio a Murrue; le arrivata accanto per ucciderla con un coltello, ma si ferma quando riconosce che il suo amico Kira è il ragazzo che le sta accanto, quindi scappa appena Murrue apre nuovamente il fuoco. Murrue e Kira entrano nell'abitacolo dello Strike Gundam e la donna sblocca i dispositivi di sicurezza dello Strike che si alza in piedi.
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